Σύστημα ανάλυσης βιολογικών αλληλουχιών

 
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2008 (EN)
Biological sequences analysis system
Σύστημα ανάλυσης βιολογικών αλληλουχιών

Μπελόγια, Αικατερίνη Κωνσταντίνου

Το επιστημονικό πεδίο της Μηχανικής Μάθησης ενίσχυσε τους βιολόγους καθώς καιτους ερευνητές άλλων επιστημονικών περιοχών με ένα ισχυρό σύνολο εργαλείων, πουεπιτρέπουν την ανάλυση διάφορων τύπων δεδομένων για τη γρήγορη εξαγωγή ακριβούς και αξιόπιστης γνώσης.Ένα από τα σημαντικότερα ζητήματα που απασχολούν τους ερευνητές της Μοριακής Βιολογίας είναι η πρόβλεψη του σημείου έναρξης μετάφρασης μιας βιολογικής ακολουθίας.Στην παρούσα εργασία αναπτύχθηκε μία διαδικτυακή εφαρμογή με γραφικό περιβάλλον διασύνδεσης, που παρέχει τη δυνατότητα πρόβλεψης συγκεκριμένων λειτουρ-γικών περιοχών σε βιολογικές αλληλουχίες που εισάγει ο χρήστης. Πιο συγκεκριμένα,το σύστημα υπολογίζει την ακολουθία κωδικοποίησης (CoDing Sequence) μίας DNAαλληλουχίας, δηλαδή την περιοχή των νουκλεοτιδίων που αντιστοιχεί στην ακολουθίατων αμινοξέων στην παραγόμενη πρωτεΐνη, προβλέποντας το σημείο έναρξης της ακο-λουθίας (CDS_Start), το σημείο λήξης (CDS_End) και τα σφάλματα (Frame-shifterrors). Το σύστημα που υλοποιήθηκε στηρίχθηκε στη μεθοδολογία πρόβλεψης τουσημείου έναρξης μετάφρασης MANTIS, η οποία προτάθηκε από τους Τζανή Γέωργιο,Μπερμπερίδη Χρήστο και Βλαχάβα Ιωάννη. Η συγκεκριμένη μεθοδολογία καλύπτειολόκληρη τη διαδικασία Ανακάλυψης Γνώσης, από την προεπεξεργασία των δεδομέ-νων μέχρι τη συνένωση των συστατικών λήψης απόφασης για την τελική πρόβλεψη.Στην διαδικτυακή αυτή εφαρμογή ο χρήστης έχει τη δυνατότητα είτε να εισάγει κά-ποιες βιολογικές ακολουθίες σε FASTA μορφή είτε να επιλέξει από το σκληρό του δίσκο ένα αρχείο που περιέχει τέτοιες ακολουθίες. Στη συνέχεια, επιλέγοντας κάποιο βιολογικό είδος μπορεί να δει τις προβλέψεις του συστήματος, που παρουσιάζονται οργανωμένες σε έναν πίνακα
The scientific field of Machine Learning reinforced biologists as well as researchers ofother scientific fields with a powerful set of tools, which allows the analysis of variousdata types for quick extraction of exact and reliable knowledge.One of the most important issues that the researchers of Molecular Biology have focusedon is the prediction of the translation initiation site of a biological sequence.In the present diploma thesis a web-based application with a graphical user interfacewas developed. The specific application enables the prediction of specific functionalareas in biological sequences that are provided by the user as input. More specifically,the system calculates the Coding Sequence of a DNA sequence, that is the region of nucleoticidesthat corresponds to the sequence of amino acids in the protein that is produced,and thus predicts the CDS_Start, the CDS_End and the Frame-shift errors. Thesystem that was developed was based on the Mantis prediction methodology, which wasproposed by Mr. George Tzanis, Mr. Christos Berberidis and Mr. Ioannis Vlahavas. Thespecific methodology covers the entire Knowledge Discovery process, from data preprocessingto the fusion of the decision components into the final prediction.In this web-based application the user has the ability either to input some biologicalsequences in Fasta format, or to upload a file that includes such sequences. Then, bychoosing one of the available biological species they have the ability to observe the predictionsof the system that are presented organized in a table.

info:eu-repo/semantics/masterThesis
Postgraduate Thesis / Μεταπτυχιακή Εργασία

Proteins
Μοριακή βιολογία
Biological sequences
Βιολογικές αλληλουχίες
Μηχανική μάθηση
Machine learning
Translation initation site
Σημείο έναρξης μετάφρασης
Knowledge discovery
Ανακάλυψη γνώσης
Molecular biology
Πρωτεΐνες

Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (EL)
Aristotle University of Thessaloniki (EN)

Greek
English

2008
2009-06-21T21:00:00Z


Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Σχολή Θετικών Επιστημών, Τμήμα Πληροφορικής

This record is part of 'IKEE', the Institutional Repository of Aristotle University of Thessaloniki's Library and Information Centre found at http://ikee.lib.auth.gr. Unless otherwise stated above, the record metadata were created by and belong to Aristotle University of Thessaloniki Library, Greece and are made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). Unless otherwise stated in the record, the content and copyright of files and fulltext documents belong to their respective authors. Out-of-copyright content that was digitized, converted, processed, modified, etc by AUTh Library, is made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). You are kindly requested to make a reference to AUTh Library and the URL of the record containing the resource whenever you make use of this material.
info:eu-repo/semantics/openAccess



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)