Incidens of virus in almond cuffivars in Greece and Cyprus and study of the molecular variability of PDV and ACLSV

 
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2008 (EN)
Συχνότητα εμφάνισης ιού σε καλλιέργειες αμυγδαλιάς σε Ελλάδα και Κύπρο και μελέτη της γενετικής παραλλακτικότητας των PDV και ACLSV
Incidens of virus in almond cuffivars in Greece and Cyprus and study of the molecular variability of PDV and ACLSV

Χαρού, Αναστασία Θεοφάνη

This study presents the incidence of viruses in cultivated almond in Greece and Cyprus. For this reason a pair of primers was designed to be used for the detection of PNRSV, PDV and ApMV. The aim of this work, was also to study the variablity of the polymerase of PDV and of the capsid protein of ACLSV isolates in almond. The results of the present investigation indicate that pnrsv, pdv and aclsv infections of almonds are widespread throughout Greece and Cypurs, Apmv and viruses of the genera Nepovirus were not detected in any of the samples tested. The polymerase gene of PDV showed more than 86% identity with all the PDV isolates. On the other hand, Aclsv show high variability, differing by from 1 to 22 % among different isolates
Στην παρούσα εργασία μελετήθηκε η συχνότητα εμφάνισης ιών σε καλλιέργειες αμυγδαλιάς στην Ελλάδα και την Κύπρο. Για τον σκοπό αυτό σχεδιάστηκαν καθοδικοί εκκινητές, μετά από στοίχιση ομόλογων αλληλουχιών νουκλεοτιδίων απομονώσεων Ilar-ιών, για την ανίχνευση των PNRSV, PDV και ApMV που πολλαπλασιάζουν μέρος του γονιδίου της RdRp. Η ανίχνευση των υπολοίπων ιών βασίστηκε σε παλαιότερες γνωστές μεθόδους. Επίσης, μελετήθηκε η γενετική παραλλακτικότητα του γονιδίου της RdRp του PDV και της ΚΠ του ACLSV στην αμυγδαλιά. Χρησιμοποιήθηκε φυτικό υλικό από διάφορα γεωγραφικά διαμερίσματα της Ελλάδας και της Κύπρου.Τα αποτελέσματα ανέδειξαν την ευρεία διάδοση των PNRSV, PDV και ACLSV και είναι η πρώτη εκτενής έρευνα μετά την πρώτη αναφορά τους στην Ελλάδα και στην Κύπρο. Σε κανένα από τα δείγματα δεν ανιχνεύτηκε ο ApMV ή ιοί του γένους Nepovirus, ενώ η παρουσία του ApLV δεν επιβεβαιώθηκε, αν και υπήρχε η υποψία της ύπαρξής του σε ένα μικρό αριθμό δειγμάτων.Η στοίχιση των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών 11 απομονώσεων του PDV από αμυγδαλιά και 2 απομονώσεων από κερασιά ανέδειξε τη μικρή παραλλακτικότητα του γονιδίου της RdRp που ανέρχεται στο 4%. Επίσης η φυλογενετική ανάλυση δε διαχώρισε τις απομονώσεις με βάση την ποικιλία ή/και την γεωγραφική τους προέλευση.Αντίθετα στην περίπτωση του ACLSV, η στοίχιση των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών 18 απομονώσεων από αμυγδαλιά και 11 απομονώσεων από γιγαρτόκαρπα και άλλα πυρηνόκαρπα είδη, έδειξε τη μεγάλη παραλλακτικότητα του γονιδίου της ΚΠ που ανέρχεται στο 22%. Στη φυλογενετική ανάλυση γίνεται ένας ασαφής διαχωρισμός μεταξύ γιγαρτόκαρπων και πυρηνόκαρπων ειδών, αλλά και σε αυτή την περίπτωση δεν είναι ξεκάθαρος ο διαχωρισμός των απομονώσεων με βάση την ποικιλία ή/και τη γεωγραφική τους προέλευση.

info:eu-repo/semantics/masterThesis
Postgraduate Thesis / Μεταπτυχιακή Εργασία

Greece
ACLV
PDV
Molecular variability

Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (EL)
Aristotle University of Thessaloniki (EN)

Greek
English

2008
2009-10-08T09:56:01Z


Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Γεωπονική Σχολή

This record is part of 'IKEE', the Institutional Repository of Aristotle University of Thessaloniki's Library and Information Centre found at http://ikee.lib.auth.gr. Unless otherwise stated above, the record metadata were created by and belong to Aristotle University of Thessaloniki Library, Greece and are made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). Unless otherwise stated in the record, the content and copyright of files and fulltext documents belong to their respective authors. Out-of-copyright content that was digitized, converted, processed, modified, etc by AUTh Library, is made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). You are kindly requested to make a reference to AUTh Library and the URL of the record containing the resource whenever you make use of this material.
info:eu-repo/semantics/openAccess



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)