The control region of mitochondrial Dna of siluriformes. Molecular and phytogenetic analysis

 
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2008 (EN)
Η περιοχή ελέγχου του μιτοχονδριακού DNA των siluriformes. Μοριακή και φυλογενετική ανάλυση
The control region of mitochondrial Dna of siluriformes. Molecular and phytogenetic analysis

Παπουλίδης, Ιωάννης Δημητρίου

Siluriformes constitute a monophyletic group and have a complex evolutionary history. Superfamiliar taxa have been supported by few studies based on morphological data (see Hardman 2005 for review) but the status and interrelationships of several families remain controversial. Nucleotide sequence data are very limited and only two molecular phylogenetic analyses concerning the taxon of Siluriformes have been described (Hardman, 2005). The nucleotide sequence of the control region or displacement loop (D-loop) has been determined in several species representing different families of the Siluriformes, however its structure has not been thoroughly analyzed nor has it been used for retrieving phylogenetic information. D-loop is the main non coding region of metazoan mitochondrial DNA (mtDNA) and contains the regulatory elements for the replication of the H-strand and the transcription of mtDNA (Clayton 1992). During the present study, the complete sequence of the Silurus glanis D-loop was obtained, analyzed and compared to D-loop sequences of species from all Siluriformes families available in Genebank. The left, central and right domains were partitioned and several conserved sequence motifs (ETAS, CSB-D, CSB-E, CSB-F and CSBs1-3) were defined. Furthermore, two additional conserved sequences presenting homology to CSB-C and CSB-B of mammals were identified and reported for the first time in teleosts. The sequence of the D-loop conserved central domain was used for investigating the phylogenetic relationships among families of the order.
Η τάξη των Siluriformes είναι μονοφυλετική και παρουσιάζει ιδιαίτερα πολύπλοκη εξελικτική «πορεία». Μέχρι σήμερα υπάρχει πολύ περιορισμένος αριθμός μελετών για τις φυλογενετικές σχέσεις των οικογενειών της τάξης, οι οποίες υποστηρίζονται από μορφολογικά δεδομένα (βλ. Hardman, 2005), ενώ οι σχέσεις μεταξύ πολλών οικογενειών δεν έχουν ακόμη καθοριστεί. Η ύπαρξη μοριακών δεδομένων, σε επίπεδο νουκλεοτιδικών ακολουθιών, είναι πολύ περιορισμένη και υπάρχουν μόνο δύο μελέτες που να χρησιμοποιούν τέτοια δεδομένα για την ανάλυση των φυλογενετικών τους σχέσεων. Η νουκλεοτιδική ακολουθία της περιοχής ελέγχου έχει περιγραφεί σε αρκετά είδη της τάξης που αντιπροσωπεύουν διαφορετικές οικογένειες των Siluriformes αλλά μέχρι σήμερα δεν έχει καθοριστεί η δομή της και δεν έχει χρησιμοποιηθεί ως δείκτης για φυλογενετικές αναλύσεις. Η περιοχή ελέγχου είναι η κύρια μη κωδικοποιούσα περιοχή στο μιτιχονδριακό DNA και περιλαμβάνει τα ρυθμιστικά στοιχεία για την αντιγραφή της H – αλυσίδας και τη μεταγραφή του μιτοχονδριακού γονιδιώματος. Κατά τη παρούσα μελέτη, καθορίστηκε η πλήρης αλληλουχία της περιοχής ελέγχου στο είδος Silurus glanis, αναλύθηκε και συγκρίθηκε με τις αλληλουχίες ειδών όλων των διαθέσιμων οικογενειών των Siluriformes στην Genebank. Ορίστηκαν το αριστερό, κεντρικό και δεξί τμήμα όπως και διάφορα συντηρημένα τμήματα (ETAS, CSB-D, CSB-E, CSB-F και τα CSB1,2 και 3). Επίσης, ορίστηκαν δύο επιπλέον αλληλουχίες οι οποίες παρουσιάζουν σημαντική ομολογία με τα CSB-C και CSB-B των θηλαστικών για πρώτη φορά στους τελεόστεους. Η αλληλουχία της περιοχής ελέγχου χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση των φυλογενετικών σχέσεων στις υπό μελέτη οικογένειες.

info:eu-repo/semantics/masterThesis
Postgraduate Thesis / Μεταπτυχιακή Εργασία

Περιοχή ελέγχου
Siluriformes
Mitochondrial dna
D-loop
Μιτοχονδριακό dna

Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (EL)
Aristotle University of Thessaloniki (EN)

Greek

2008
2009-12-10T09:35:23Z


Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Σχολή Θετικών Επιστημών, Τμήμα Βιολογίας

This record is part of 'IKEE', the Institutional Repository of Aristotle University of Thessaloniki's Library and Information Centre found at http://ikee.lib.auth.gr. Unless otherwise stated above, the record metadata were created by and belong to Aristotle University of Thessaloniki Library, Greece and are made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). Unless otherwise stated in the record, the content and copyright of files and fulltext documents belong to their respective authors. Out-of-copyright content that was digitized, converted, processed, modified, etc by AUTh Library, is made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). You are kindly requested to make a reference to AUTh Library and the URL of the record containing the resource whenever you make use of this material.
info:eu-repo/semantics/openAccess



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)