Genetic structure and diversity among three Greek sheep breeds using Random Amplified Polymorphic DNA-PCR

 
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2017 (EN)
Γενετική δομή και ποικιλότητα των φυλών προβάτου Λέσβου, Χίου και Καραγκούνικης με τη χρήση τυχαίως ενισχυμένων πολυμορφικών τμημάτων DNA (RAPD-DNA) (EL)
Genetic structure and diversity among three Greek sheep breeds using Random Amplified Polymorphic DNA-PCR (EN)

MASTRANESTASIS (Ι. ΜΑΣΤΡΑΝΕΣΤΑΣΗΣ), I.
LIGDA (Χρ. ΛΙΓΔΑ), Ch.
THEODOROU (Κ. ΘΕΟΔΩΡΟΥ), K.
EKATERINIADOU (Λ.Β. ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΙΑΔΟΥ), L. V.

Σκοπός της εργασίας είναι η διερεύνηση της γενετικής δομής και της ποικιλότητας των ελληνικών φυλών προβάτων Λέσβου, Καραγκούνικης και Χίου. Η μέθοδος ανάλυσης DNA που χρησιμοποιήθηκε ήταν η αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης με τυχαίως ενισχυμένα πολυμορφικά τμήματα DNA (PCR - RAPD). Αναλύθηκαν συνολικά 120 μη συγγενή άτομα (40 ανά φυλή) με τη χρήση 11 ολιγονουκλεοτιδικών εκκινητών. Το υλικό προέρχεται από 22 εκτροφές, δέκα ποίμνιααπό τη Λέσβο, τρία ποίμνια από τη Χίο και ένα από το Σταθμό Γεωργικής Έρευνας της Χαλκιδικής, για τις φυλές Λέσβου και Χίου, αντίστοιχα. Επίσης, οκτώ ποίμνια της Καραγκούνικης φυλής από τους Νομούς Τρικάλων (3) και Καρδίτσας (5). Στηφυλή Καραγκούνικη, πολυμορφικές ζώνες εμφανίστηκαν σε όλους του εκκινητές, σε αντίθεση με τις φυλές Λέσβου και Χίουόπου ένας εκκινητής δεν εμφάνισε πολυμορφικές ζώνες. Οι πολυμορφικές ζώνες κυμαίνονταν από 0 έως 9 ανάλογα με το ζεύγος των εκκινητών και τη φυλή. Η φυλή Λέσβου εμφάνισε το μεγαλύτερο αριθμό πολυμορφικών ζωνών, ιδιαίτερα στους εκκινητές ALI 17, ΟΡΑ 02 και OPF 05. Ο συνολικός αριθμός των πολυμορφικών ζωνών ήταν 61 στη φυλή Λέσβου, 57 στηφυλή Χίου και 39 στη Καραγκούνικη φυλή. Από τον υπολογισμό των φυλογενετικών σχέσεων προέκυψαν δυο κύρια αποτελέσματα: i) η γενετική απόσταση της Καραγκούνικης φυλής ήταν διακριτή από τη φυλή Χίου (GD=0.1979) και Λέσβου(GD=0.1691), ενώ ii) οι φυλές Χίου και Λέσβου εμφάνισαν σχετικά κλειστή φυλογενετική σχέση με γενετική ομοιότητα Gl=0.9631. Τα μισά κοπάδια της φυλής Λέσβου παρουσίασαν σχετικά στενότερη φυλογενετική σχέση με τα κοπάδια της φυλής Χίου. Επίσης, από τη μελέτη των πολυμορφικών ζωνών, βρέθηκε μοριακός δείκτης που εμφανίζεται μόνο στα άτοματης Καραγκούνικης φυλής: ο εκκινητής ALI 01 εμφάνισε 4 πολυμορφικές ζώνες οι οποίες φαίνεται να χαρακτηρίζουν όλα ταάτομα της φυλής, ενώ δεν εμφανίζονται σε κανένα από τα άτομα των άλλων δύο φυλών. Ο φυλετικός αυτός δείκτης παρουσιάζει ενδιαφέρον για περαιτέρω έρευνα. Η συνολική παραλλακτικότητα (Ht) ανάμεσα στα κοπάδια ανά φυλή ήταν 0.2163 ± 0.0317,0.1295 ± 0.0273 και 0.2138 ± 0.0410 για τη Λέσβου, Χίου και Καραγκούνικη, αντίστοιχα, ενώ η μέση παραλλακτικότητα εντός των κοπαδιών (Hs) ήταν 0.1549 ± 0.0161, 0.0912 ± 0.0145 και 0.1847 ± 0.0313 για τη φυλή Λέσβου, Καραγκούνικη και Χίου,αντίστοιχα. Η μέση γενετική διαφοροποίηση (Gst) μεταξύ των κοπαδιών υπολογίστηκε σε 0.2840 (Λέσβου), 0.2961 (Καραγκούνικο)και 0.1361 (Χίου). Για τον υπολογισμό των γενετικών αποστάσεων μεταξύ και εντός των φυλών χρησιμοποιήθηκε το λογισμικόπρόγραμμα POPGENE 1.31. Τα αποτελέσματα από την ανάλυση της γενετικής ποικιλότητας με τη χρήση των μοριακών δεικτών, σε συνδυασμό με τα γενεαλογικά δεδομένα, μπορούν να αξιοποιηθούν στα προγράμματα γενετικής βελτίωσης καιδιατήρησης των φυλών προβάτων. Χρειάζεται περαιτέρω έρευνα για τη σύνδεση της γενετικής και φαινοτυπικής παραλλακτικότητας, με παραμέτρους του περιβάλλοντος παραγωγής (φυσικό και διαχείρισης), με στόχο τον προσδιορισμό των ιδιοτήτων προσαρμογής και την ανάπτυξη κατάλληλων στρατηγικών διαχείρισης. (EL)
Genetic structure and diversity of 120 animals from three Greek local breeds were investigated by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) - PCR method. Sheep samples originated from the Lesvos, Chios and Karagouniko breeds were treated with 11 random primers to estimate their genetic diversity and phylogenetic relationships. Our analysis comprised two levels of the breeds' genetic structure: i) the genetic differentiation among the three breeds and ii) the genetic differentiation among the flocks within each breed. This combined approach gave two main findings: i) the study of genetic distances and identity revealed that the Karagouniko sheep breed is genetically distinct from Chios (GD=0.1979) and Lesvos (GD=0.1691) breeds, while ii) the Chios and Lesvos breeds are genetically similar (GI=0.9631); half of the flocks of Lesvos have a relatively closer relationship with those of Chios than with the other Lesvos flocks. This is the first study that reports the close genetic relationship between the Chios and Lesvos breeds and gives strong evidence to hypotheses about their related origin. Furthermore, the study of polymorphic loci revealed particular indicators located in Karagouniko breed, as definitional datum of genetic identity or as a fingerprint of breed. Therefore, RAPD-DNA methods can be an efficient tool for the determination of phylogenetic relationships and genetic identity among the bloodstock breed of sheep. (EN)

info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion

τυχαία ενισχυμένα πολυμορφικά τμήματα (RAPD-DNA) (EL)
Φυλή Χίου (EL)
γενετική δομή (EL)
Φυλή Καραγκούνικη (EL)
Φυλή Λέσβου (EL)
γενετική ποικιλότητα (EL)
genetic diversity (EN)
RAPD-DNA (EN)
Karagouniko sheep breeds (EN)
Lesvos (EN)
Chios (EN)
genetic structure (EN)

Ελληνική Κτηνιατρική Εταιρεία (EL)
Hellenic Veterinary Medical Society (EN)

2017-11-13


Hellenic Veterinary Medical Society / Ελληνική Κτηνιατρική Εταιρεία (EN)

1792-2720
2585-3724
Journal of the Hellenic Veterinary Medical Society; Vol 62, No 4 (2011); 301-313 (EL)
Journal of the Hellenic Veterinary Medical Society; Vol 62, No 4 (2011); 301-313 (EN)

Copyright (c) 2017 I. MASTRANESTASIS (Ι. ΜΑΣΤΡΑΝΕΣΤΑΣΗΣ), Ch. LIGDA (Χρ. ΛΙΓΔΑ), K. THEODOROU (Κ. ΘΕΟΔΩΡΟΥ), L. V. EKATERINIADOU (Λ.Β. ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΙΑΔΟΥ) (EN)



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)