Mathematical modeling of diphenylalanine peptides in tetrahydrofuran (THF) solution using atomistic simulations: evaluation of force field
Αβραμίδου Αικατερίνη
Η επιλογή ενός κατάλληλου πεδίου δυνάμεων για την περιγραφή των μορίων
αποτελεί πάντα ένα σημαντικό ζήτημα στις προσομοιώσεις. Μία από τις πιο
απαιτητικές περιπτώσεις είναι αυτή των βιομορίων. Σε αυτή την περίπτωση η
δημιουργία ενός νέου πεδίου δυνάμεων κατάλληλου για ένα ορισμένο μόριο είναι
και η πιο ακριβής μέθοδος.
Η συγκεκριμένη εργασία εστιάζει στα πεπτίδια διφαινυλαλανίνης (FF) σε διαλύτη
τετραϋδροφουρανίου (THF). Η παρούσα μελέτη ασχολείται κυρίως με την επίδραση
του πεδίου δυνάμεων σε δομικά χαρακτηριστικά των πεπτιδίων διφαινυλαλανίνης
στο διαλύτη THF. Πιο συγκεκριμένα, μικρές διαφορές στην κατανομή φορτίου
φαίνεται να παίζουν βασικό ρόλο στη συμπεριφορά των FF πεπτιδίων στο THF.
Οι δομές που σχηματίζονται από τα μόρια που μελετώνται είναι πολύ ευαίσθητες
στις παραμέτρους του πεδίου δυνάμεων και ακριβώς αυτό είναι που προσπαθεί η
παρούσα μελέτη να εξακριβώσει μέσω των προσομοιώσεων.
(EL)
The choice of a proper force field for the description of molecules is always a big
issue in simulations. One of the more demanding case is that of biomolecules. In this
case the development of a new force field appropriate for the specific molecule is
the most accurate method.
The focus of the current study is on diphenylalanine (FF) peptides in tetrahydrofuran
(THF) solvent. Our work highlights the effect of the force field on the structural and
conformational characteristics of diphenylalanine peptides in THF. More specifically
small changes of the charge distribution seem to play a crucial role on the behavior
of FF peptides in THF.
The structures that are formed by the molecules studied are very sensitive to the
parameters of the force field and this is what the current study tries to address from
the point of view of the simulations.
(EN)
