This item is provided by the institution :
University of Crete
Repository :
E-Locus Institutional Repository
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share



2014 (EN)
Μελέτη της βιοαποικοδόμησης του τολουολίου από το βακτήριο Pseudomonas sp. phDV1
Study of tuluene biodegradation by Pseudomonas sp. phDV1

Κασσωτάκη, Ελένη Εμμανουήλ

Τσιώτης, Γεώργιος

Πολλά στελέχη που ανήκουν στο γένος Pseudomonas χρησιμοποιούνται ευρέως για να μελετηθούν οι προσαρμοστικοί μηχανισμοί που αναπτύσσουν, σε σχέση με την ανθεκτικότητά τους έναντι οργανικών διαλυτών αρωματικής κυρίως σύστασης όταν χρησιμοποιούν τις ενώσεις αυτές ως μοναδική πηγή άνθρακα. Το βακτηριακό στέλεχος phDVI του γένους Pseudomonas απομονώθηκε σε περιοχή διυλιστηρίων της Δανίας και το κύριο χαρακτηριστικό του είναι ότι αναπτύσσεται χρησιμοποιώντας οργανικούς ρύπους ως πηγή άνθρακα. Στη παρούσα εργασία μελετήθηκε αυτό το στέλεχος, ένα κατά Gram αρνητικό βακτήριο. Ως πηγές άνθρακα χρησιμοποιήθηκαν το ηλεκτρικό, το τολουόλιο και διαφορετικές συγκεντρώσεις φαινόλης. Μελετήθηκε ο ρυθμός ανάπτυξης καθώς και το μεταβολικό μονοπάτι αποικοδόμησης του τολουολίου και φαινόλης. Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε μελέτη στο κυτταροπλασματικό και μεμβρανικό πρωτέομα του βακτηρίου όταν αναπτύσσεται σε διαφορετικές πηγές άνθρακα. Για την μελέτη του μεμβρανικού πρωτεόματος οι απομονωμένες μεμβράνες κατεργάστηκαν με 5mM EDTA ή 100mM Na2CO3 και στη συνέχεια έγινε διαλυτοποίηση με 0,5% n-dodecyl-β-maltoside (DDM). Το κυτταροπλασματικό και μεμβρανικό πρωτέομα αναλύθηκε με συνδυασμό μη αποδιατακτικής ηλεκτροφόρησης Blue Native-PAGE και αποδιατακτικής ηλεκτροφόρησης Tricine-SDS-PAGE. Οι διαχωρισμένες πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν με φασματομετρία μάζας (MALDI TOF/TOF MS/MS). Τέλος, ταυτοποιήθηκαν κυτταροπλασματικά και μεμβρανικά σύμπλοκα των βακτηρίων που έχουν καλλιεργηθεί σε διαφορετικές πηγές άνθρακα. (EL)
A number of strains which belong to the Pseudomonas species have been widely used to elucidate the adaptive mechanisms underlying increased tolerance against toxic concentrations of aromatic compound organic solvents in Gram-negative bacteria, using them as a sole carbon source. A strain with high phenol-removal efficiency is Pseudomonas sp. strain phDVI, which was isolated from enriched mixed culture from samples of petroleum contaminated soil in Denmark. In the present project this strain was studied, a Gram-negative bacterium which was selected for its ability to degrade aromatic compounds. As carbon sources was used toluene, different concentrations of phenol and succinic acid. Then, a study was conducted mainly for cytoplasm protein complexes (of the bacterium when grown on different carbon sources) involved in the degradation of aromatic pollutants. Additionally, study of membrane protein complexes was conducted by treating them with 5mM EDTA and 100mM Na2CO3 (where optimal treatment was chosen) and then solubilization was done with 0,5% n-dodecyl-b-maltoside (DDM). The cytoplasm and membrane fractions were separated via two dimensional electrophoresis Blue Native- SDS-PAGE. Finally, a comparative study and identification of the different proteins with MALDI TOF / TOF was conducted. In conclusion, cytoplasm and membrane complexes from bacteria grown on different carbon sources were identified. (EN)

text

Biodegradation
Οργανικοί ρύποι
Μη αποδιατακτική ηλεκτροφόρηση
SDS-Page
Βιοαποικοδόμηση
MALDI TOF/TOF
Blue Native page
Τολουόλιο φαινόλη

Πανεπιστήμιο Κρήτης (EL)
University of Crete (EN)

2014-11-21




*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)