Μελέτη των συντηρημένων αλληλουχιών που δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες στα γονιδιώματα των ψαριών

RDF 

 
This item is provided by the institution :
University of Crete
Repository :
E-Locus Institutional Repository
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share



Semantic enrichment/homogenization by EKT
2008 (EN)
Conserved non-coding sequences in figh genomes
Μελέτη των συντηρημένων αλληλουχιών που δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες στα γονιδιώματα των ψαριών

Μανουσάκη Τερέζα

Λαδουκάκης, Μανώλης

Στην εποχή της μετα-γονιδιωματικής, τα συντηρημένα στοιχεία στις περιοχές εκτός γονιδίων έχουν τραβήξει το ερευνητικό ενδιαφέρον καθώς θεωρούνται σημαντικά στην εξέλιξη της ομάδας των μεταζώων και ιδιαίτερα των σπονδυλωτών. Στην παρούσα εργασία, μελετήθηκαν συγκριτικά τα 5 διαθέσιμα γονιδιώματα ψαριών, των Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Danio rerio, Oryzias latipes και Gasterosteous aculeatus. Με χρήση εργαλείων βιοπληροφορικής, απομονώθηκε σε κάθε γονιδίωμα το τμήμα που δεν κωδικοποιεί πρωτεΐνες και βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων. Η μελέτη είχε ως αποτέλεσμα την ανίχνευση 103 αλληλουχιών που είχαν τουλάχιστον 100 νουκλεοτιδικές βάσεις μήκος και 70% ομοιότητα μεταξύ τους (CNEs). Από τη μελέτη των CNEs πρoέκυψε ότι τα μισά περίπου από αυτά δεν έχουν ανιχνευθεί από τις μέχρι τώρα συγκρίσεις. Επιπλέον, παρουσιάζουν τα σημαντικότερα χαρακτηριστικά των συντηρημένων αλληλουχιών όπως αυτά έχουν καθοριστεί από προηγούμενες εργασίες. Για παράδειγμα, σημαντικό ποσοστό των CNEs βρίσκονται πλησίον γονιδίων που σχετίζονται με τη μεταγραφή και την ανάπτυξη, εμφανίζουν έντονα το φαινόμενο της συνταινίας και συγκεντρώνονται σε ομάδες (clusters). Τα αποτελέσματά μας δείχνουν την ελλιπή παρουσία CNEs στην ομάδα των τελεόστεων σε σχέση με τα υπόλοιπα σπονδυλωτά. Προτείνουμε ότι οι μισές περίπου από αυτές τις αλληλουχίες που βρίσκονται αποκλειστικά στα ψάρια, είναι πιθανό να αποτελούν σημαντικά cis – ρυθμιστικά στοιχεία των τελεόστεων. (EL)
In the era of meta-genomics, conserved non-coding regions have attracted the researcher’s attention. They are believed, and in many cases proven, to play important key-role in the evolution of the vertebrates’ genome. In this study, we explored the intergenic, non-coding part of the genomes of 5 fish, Zebrafish, Fugu, Tetraodon, Medaka and Stickleback. We designed an algorithm which extracted the intergenic sequences of each genome, the conserved non-coding elements (CNEs) between them and compared them with those found in other studies and organisms. Fish contain only a few CNEs, 103, compared to other groups and other studies that used species with similar evolutionary distance. Half of them are shared with the other vertebrates while the other half seem to be fish-specific. An important fraction of their flanking genes are associated with regulation of transcription and development. They seem to be syntenic in most of the species we studied, they are mainly located near genes and also form clusters. Thus, we propose that the new set of fish-specific CNEs may play an important role in teleost evolution. (EN)

text

Συγκριτική Γονιδιωματική
CNEs
Comparative Genomics

Πανεπιστήμιο Κρήτης (EL)
University of Crete (EN)

2008-12-04




*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)