Μελέτη της μικροβιακής σύστασης της σκόνης τησ Σαχάρας : εφαρμογές στη περιβαλλοντική μικροβιολογία

Study of the microbial community on Sahara dust.

Ζώτου, Κλειώ Α.

Στεφάνου, Ευρυπίδης

Η παρούσα διπλωματική εργασία είχε ως στόχο της τον χαρακτηρισμό της βακτηριακής ποικιλότητας στην αερομεταφερόμενη σκόνη από τη Σαχάρα με τη χρήση νέων τεχνολογιών αλληλλούχισης. Ο προσδιορισμός της μικροβιακής ποικιλότητας της αφρικανικής σκόνης καθώς και ο χαρακτηρισμός των βακτηριακών κοινοτήτων που εν δυνάμει θα μπορούσαν να αποτελέσουν κίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία ήταν ο σκοπός της παρούσας διπλωματικής. Οι νέες τεχνολογίες επιλέχθηκαν διότι προσφέρουν μεγαλύτερη απόδοση, λεπτομέρεια, διακριτική ικανότητα και μεγαλύτερη ταχύτητα. Αυτή είναι η πρώτη μελέτη στην Ελλάδα όπου η βακτηριακή ποικιλότητα χαρακτηρίζεται με την χρησιμοποίηση ομικών τεχνολογιών. Η δειγματοληπτική διαδικασία ξεκίνησε το 2013 όπου λήφθηκαν τα πρώτα δείγματα και συνεχίστηκε έως το 2014. Ο συνολικός αριθμός των δειγμάτων ήταν 22 και χωρίστηκαν σε δείγματα όπου το φαινόμενο ήταν στην ακμή του και σε δείγματα που το φαινόμενο δεν υπήρχε ώστε να έχουμε την δυνατότητα να συγκρίνουμε και να διαχωρίσουμε τη βακτηριακή ποικιλότητα μεταξύ των 2 περιόδων. Η δειγματοληψία έλαβε χώρα στο Εργαστήριο Χημικών Περιβαλλοντικών Διεργασιών από το κ. Ιακωβίδη. Στη συνέχεια τα δείγματα μεταφέρθηκαν στο εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας του Πανεπιστημίου Πατρών όπου ξεκίνησε η διαδικασία για το χαρακτηρισμό των βακτηριακών κοινοτήτων. Το πρώτο βήμα στη διαδικασία ήταν η απομόνωση του γενετικού υλικού η οποία πραγματοποιήθηκε με το DNA Isolation kit της εταιρίας MOBIO. Εν συνεχεία αφού εκτιμήθηκε η ποσότητα και η καθαρότητα του γενετικού υλικού ξεκίνησε η ενίσχυση του. Η απαιτούμενη ποσότητα που χρειάζονταν ώστε να μελετηθεί το δείγμα είναι 300 ng γενετικού υλικού. Μετά το πέρας της διαδικασίας της ενίσχυσης του γενετικού υλικού ακλούθησε ο καθαρισμός και η τελική ποσοτικοποίηση. Το τελικό στάδιο της πειραματικής διαδικασίας έλαβε χώρα στην εταιρία IMGM S.A όπου πραγματοποιήθηκε και η τελική αλληλούχιση. Για την ανάλυση των δεδομένων χρησιμοποιήθηκε το λογισμικό πακέτο Qiime. Τέλος για την στατιστική ανάλυση και την εικονική παρουσίαση των δεδομένων που αναλύθηκαν έγινε χρήση των προγραμμάτων Past 3, Primer 7 και Excel. (EL)

The major aim of this study was to characterize the bacterial community on airborne dust from Sahara desert using New Generation Sequencing technologies. Apart from the characterization of the bacterial community, in this study we tried to identify all the bacterial genus which could potentially be a threat to human health. New technologies are chosen because they offer greater performance, detail, discretion and greater speed. This is the first study in Greece where bacterial diversity is characterized by the use of omic technologies. The sampling process started in 2013, when the first samples were taken and continued until 2014. The total number of samples was 22 and were divided into samples where the phenomenon was at its edge and in samples that were the phenomenon did not exist in order to be able to compare and to separate the bacterial diversity between the two periods. The sampling took place at the Laboratory of Chemical Environmental Processes by Mr. Iakovidis. Subsequently the samples were transferred to the Molecular Biology Laboratory of the University of Patras where the procedure for the characterization of bacterial communities took place. The first step in the process was the isolation of the DNA that was carried out with the MOBIO DNA Isolation kit. Subsequently, after assessing the quantity and purity of the genetic material, its amplification began. The required amount needed to study the sample is 300 ng of genetic material. After the end of the genetic amplification process, purification and final quantitation took place. The final stage of the experimental process took place at IMGM S.A, where the final sequencing took place. The Qiime packet software was used to analyze the data. Finally for statistical analysis and virtual presentation of the data analyzed programs Past 3, Primer 7 and Excel were used. (EN)

text

Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Βακτήρια

Bacteria

Ποικιλότητα

Πανεπιστήμιο Κρήτης

E-Locus Ιδρυματικό Καταθετήριο

Elocus

Ελληνική γλώσσα

2017-07-21

000410651

http://elocus.lib.uoc.gr:443/dlib/2/f/3/metadata-dlib-1500889921-38764-30925.tkl

Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Χημείας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης