Predicting human mirna target sites in regions other than 3utrs using known algorithms

 
This item is provided by the institution :
University of Crete
Repository :
E-Locus Institutional Repository
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2010 (EN)
Πρόβλεψη ανθρώπινων στόχων miRNAS σε περιοχές διαφορετικές των 3 UTRs χρησιμοποιώντας γνωστούς αλγόριθμους
Predicting human mirna target sites in regions other than 3utrs using known algorithms

Πλιώτα, Πηνελόπη

Ηλιόπουλος, Ιωάννης

Τα microRNAs (miRNAs) είναι μικρά ενδογενή μη-κωδικά μόρια RNA, που παίζουν σημαντικό ρόλο στην μετα-μεταγραφική ρύθμιση των γονιδίων. Στον άνθρωπο πιστεύεται πως τα miRNAs στοχεύουν κυρίως τα 3’UTRs (3’ αμετάφραστες περιοχές). Αντιθέτως, στα φυτά τα miRNAs είναι αδιαμφισβήτητο πως μπορούν να στοχεύσουν κάθε περιοχή πάνω στα mRNAs, όχι μόνο τα 3’UTRs. Τα περισσότερα όμως υπάρχοντα εργαλεία για την πρόβλεψη στόχων των miRNAs στον άνθρωπο περιορίζουν τα αποτελέσματα τους μόνο στα 3΄UTRs. Σκοπός της μελέτης είναι να φανεί αν τα εργαλεία αυτά μπορούν να προβλέψουν θέσεις-στόχους των miRNAs και σε άλλες περιοχές. Επιπρόσθετα, η μελέτη εστιάζει στην σύγκριση των κοινών προβλέψεων μεταξύ των εργαλείων. Όλα αυτά γίνονται τόσο κάτω από εξελικτικά μη συντηρημένες, όσο και συντηρημένες συνθήκες, δεδομένου ότι η εξελικτική συντήρηση παίζει πολύ σημαντικό ρόλο στην πρόβλεψη στόχων των miRNAs. Όπως τα αποτελέσματα δείχνουν, τα εργαλεία αυτά μπορούν να προβλέψουν πολλούς στόχους και σε άλλες περιοχές εκτός των 3’UTRs. Συγκεκριμένα όσο αφορά τα εξώνια, οι προβλέψεις των εργαλείων είναι περισσότερες σε σχέση με αυτές των 3’UTRs, ακόμα και μετά την εισαγωγή του παράγοντα της συντήρησης. Τα αποτελέσματα μπορούν να εξηγηθούν με δύο διαφορετικούς τρόπους. Ή ότι τα εργαλεία χρειάζονται πολύ βελτίωση ακόμα για την έγκυρη πρόβλεψη στόχων, όσον αφορά τον διαχωρισμό των περιοχών, ή ότι αγνοούμε σημαντικές βιολογικές πληροφορίες σε σχέση με το πώς και που δρουν τα miRNAs στον άνθρωπο. (EL)
MicroRNAs (miRNAs) are short endogenous noncoding RNA molecules that play essential role in post-transcriptional regulation of genes. In human, it is thought that miRNAs primarily target on 3’UTRs. On the contrary, in plants is well established that miRNAs can target every region on mRNAs, not only the 3’UTR. However, most of the existing algorithms for prediction of miRNA target sites, limit their results only on 3’UTRs. The aim of the study is to see whether these algorithms can predict miRNA target sites on other regions as well. Furthermore, the research focuses on the comparison of the common predictions between the algorithms. All these are done under both evolutionary conserved and non conserved states, considering the fact that evolutionary conservation plays a very important role on miRNA target prediction. As shown by the results, these algorithms predict multiple targets on other regions. This was especially prominent in exons where the predicted target sites outnumbered those predicted for 3'UTRs, even after the use of the evolutionary conservation as a filtering parameter. Furthermore, the algorithms found a highly increased percentage of common results, especially before the use of the conservation parameter. These findings pose two different questions. Do the algorithms need so much improvement or do we ignore important biological information about the ways miRNAs act in human? (EN)

text
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

miRNAs
Medical profession
Human mirnas
Αλγόριθμοι πρόβλεψεις στόχων Mirnas
Target prediction algorithms
Ανθρώπινα mirnas

Πανεπιστήμιο Κρήτης (EL)
University of Crete (EN)

Greek

2010-12-14


Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)