Interactions of the viroid Potato spindle tuber viroid with tomato (Solanum lycopersicum) proteins

This item is provided by the institution :

Repository :
E-Locus Institutional Repository
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*

2011 (EN)
Αλληλεπίδραση του ιοειδούς Potato spindle tuber viroid με πρωτείνες της ντομάτας (Solanum lycopersicum)
Interactions of the viroid Potato spindle tuber viroid with tomato (Solanum lycopersicum) proteins

Φραγκούλης, Πέτρος

Τσαγρή, Ευθυμία
Κοκκινίδης, Μιχαήλ
Καραγωγέως, Δόμνα

Τα ιοειδή είναι μικρά, μονόκλωνα, κυκλικά, μόρια RNA, που αν και δεν κωδικεύουν πρωτεΐνες, αποτελούν οικονομικά σημαντικά παθογόνα για μια σειρά φυτών-ξενιστών Το Potato spindle tuber viorid ήταν το πρώτο ιοειδές που ανακαλύφθηκε και παραμένει μοντέλο για την μελέτη των ιοειδών. Στο πρώτο μέρος αυτής της εργασίας, εξετάζεται η δυνατότητα αλληλεπίδρασης αλληλεπίδραση της Virp2, μίας πρωτεΐνης της τομάτας, με το PSTVd. Στα πειράματα που διεξήχθησαν φάνηκε με in vitro αναλύσεις ότι η Virp2 προσδένει ασθενώς και μη ειδικά το PSTVd, καθώς και άλλους στόχους RNA και DNA. Στο δεύτερο μέρος της μελέτης, χρησιμοποιήθηκε μία μέθοδος που στην ουσία είναι συνδυασμός μη αποδιατακτικής ηλεκτροφόρησης σε αγαρόζη και αποδιατακτικής SDS-PAGE ηλεκτροφόρησης για την ανάλυση νουκλεοπρωτεϊνικών εκχυλισμάτων από φυτά τόσο μολυσμένα με PSTVd όσο και υγιή. Η πρωτότυπη αυτή μέθοδος επιτρέπει την ανάλυση των νουκλεϊκών οξέων του εκχυλίσματος, καθώς και τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών τόσο σύμφωνα με το φορτίο τους, όσο και με το βάρος τους (EL)
Viroids are small, single-stranded circular RNA molecules not known to code for any proteins.They are pathogens for a series of plant hosts. Potato spindle tuber viroid was the first viroid to be discovered and remains a model for the study of viroids. In previous work, a plant protein was isolated during a cDNA screen, using PSTVd RNA as a ligand. This protein, provisionally called Virp2, is further investigated in this thesis. We used electrophoretic mobility shift assays (EMSA), Northwestern blotting assays and dot blots in order to investigate the binding of the tomato protein Virp2 with PSTVd RNA transcripts in vitro. In the in vitro assays that were performed, affinity chromatography purified Virp2 was shown to bind weakly and unspecifically to PSTVd of both polarities, as well as to other DNA and RNA nucleic acids in a dot blot assay test. No interaction could be observed in EMSA or denaturing Northwestern assays. In the second part of this thesis a method was developed that is essentially a combination of native agarose electrophoresis and denaturing SDS-PAGE electrophoresis of crude plant nucleoprotein extracts. Comparison of non infected and infected nucleoprotein extracts by this method showed some differences in the viroid containing fractions, which can be further investigated. This novel, techincally simple method allows the resolution of the nucleic acids of the extract, as well as the separation of proteins both according to their charge and their molecular weight and may therefore be used for the identification of RNA binding proteins in such extracts (EN)

Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Dot blot
Protein-nucleic acid interacion
Αλληλεπίδραση πρωτεΐνης-νουκλεϊκού οξέος



Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)