Complementary DNA microarray image processing based on the fuzzy gaussian mixture model

 
Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
ΤΕΙ Αθήνας
Αποθετήριο :
Υπατία - Ιδρυματικό Αποθετήριο
δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
κοινοποιήστε το τεκμήριο



Complementary DNA microarray image processing based on the fuzzy gaussian mixture model (EN)

Σπυρίδωνος, Παναγιώτα Π. (EL)
Αθανασιάδης, Εμμανουήλ Ι. (EL)
Κάβουρας, Διονύσης Α. (EL)
Γκλώτσος, Δημήτριος (EL)
Καλατζής, Ιωάννης (EL)

Νικηφορίδης, Γεώργιος Σ. (EL)
Τ.Ε.Ι. Αθήνας. Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών. Τμήμα Μηχανικών Βιοϊατρικής Τεχνολογίας Τ.Ε. (EL)

The objective of this paper was to investigate the segmentation ability of the fuzzy Gaussian mixture model (FGMM) clustering algorithm, applied on complementary DNA (cDNA) images. Following a standard established procedure, a simulated microarray image of 1600 cells, each containing one spot, was produced. For further evaluation of the algorithm, three real microarray images were also used, each containing 6400 spots. For the task of locating spot borders and surrounding background (BG) in each cell, an automatic gridding process was developed and applied on microarray images. The FGMM and the Gaussian mixture model (GMM) algorithms were applied to each cell with the purpose of discriminating foreground (FG) from BG. The segmentation abilities of both algorithms were evaluated by means of the segmentation matching factor, coefficient of determination, and concordance correlation, in respect to the actual classes (FG-BG pixels) of the simulated spots. Pairwise correlation and mean absolute error of the real images among replicates were also calculated. The FGMM was found to perform better and with equal processing time, as compared to the GMM, rendering the FGMM algorithm an efficient alternative for segmenting cDNA microarray images. (EN)

journalArticle

Molecular biophysics (EN)
Βιοπληροφορική (EN)
Bioinformatics (EN)
Μοριακή βιοφυσική (EN)

ΤΕΙ Αθήνας (EL)
Technological Educational Institute of Athens (EN)

IEEE Transaction on Information Technology in Biomedicine (EN)

Αγγλική γλώσσα

2009

DOI: 10.1109/TITB.2008.907984

IEEE (EN)



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.