Interpretation of binding kinetics in fluorescence recovery after photobleaching experiments using a novel stochastic simulation strategy

 
Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
ΤΕΙ Αθήνας
Αποθετήριο :
Υπατία - Ιδρυματικό Αποθετήριο
δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
κοινοποιήστε το τεκμήριο



Interpretation of binding kinetics in fluorescence recovery after photobleaching experiments using a novel stochastic simulation strategy (EN)

Γκλώτσος, Δημήτριος (EL)
Κάβουρας, Διονύσης Α. (EL)
Κωστόπουλος, Σπυρίδων (EL)
Νίνος, Κωνσταντίνος Δ. (EL)

Τ.Ε.Ι. Αθήνας. Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών. Τμήμα Μηχανικών Βιοϊατρικής Τεχνολογίας Τ.Ε. (EL)

Fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) has been extensively used for monitoring the binding kinetics of proteins with a goal to investigate the cellular processes, such as transcriptional regulation, cell membrane diffusion and signal transduction. In this study, a new approach for the interpretation of FRAP curves is presented based on the stochastic simulation of binding kinetics. The proposed method considers that proteins (a) randomly diffuse in a Brownian random-walk manner and (b) react with certain probability with compatible empty binding sites in a homogeneous well-stirred chemical environment. The proposed algorithm was compared with standard deterministic methods that are currently being used for analysis of FRAP curves. Predictions of recovery times of FRAP curves and sum of residuals revealed a good agreement. The stochastic simulation algorithm presents a firmer physical basis than its deterministic counterparts and it might be used to successfully model probabilistic events in the cell, deciphering information in FRAP experiments that cannot be computed using deterministic models. (DE)

journalArticle

Binding (EN)
Διαδικασία σύνδεσης (EN)
Kinetics (EN)
Κινητική (EN)

ΤΕΙ Αθήνας (EL)
Technological Educational Institute of Athens (EN)

Molecular Simulation (EN)

Αγγλική γλώσσα

2009

DOI: 10.1080/08927020903015353

Taylor & Francis (EN)



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.