Οι πρώτες “λέξεις”. Ανάλυση της Σύστασης βιολογικών αλληλουχιών

 
This item is provided by the institution :

Repository :
Kallipos Repository
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share




2015 (EN)
Οι πρώτες “λέξεις”. Ανάλυση της Σύστασης βιολογικών αλληλουχιών (EL)

Χουβαρδάς, Παναγιώτης (EL)
Νικολάου, Χριστόφορος (EL)
Chouvardas, Panagiotis (EN)
Nikolaou, Christoforos (EN)

Μπάγκος, Παντελεήμων (EL)
Κάλλιπος (EL)
Bagkos, Panteleimon (EN)
Kallipos (EN)

Το συγκεκριμένο κεφάλαιο έχει ως αντικείμενο την ανάλυση της σύστασης βιολογικών αλληλουχιών. Στο επίκεντρό του βρίσκεται η σχέση της νουκλεοτιδικής σύστασης με την προέλευση και τη λειτουργικότητα γονιδιωματικών αλληλουχιών. Σε αυτό το πλαίσιο, το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα που αναπτύσσεται, σχετίζεται με την ανάλυση του ποσοστού βάσεων γουανίνης/κυτοσίνης (GC content) με σκοπό τη διάκριση αλληλουχιών διαφορετικής προέλευσης σε ένα βακτηριακό γονιδίωμα, ως προϊόντα οριζόντιας μεταφοράς γονιδιωματικού υλικού. στο πλαίσιο του προβλήματος αυτού παρουσιάζονται αναλυτικά οι βιολογικές έννοιες της γονιδιωματικής σύστασης και της οργάνωσης των γονιδιωμάτων των ανώτερων ευκαρυωτικών οργανισμών σε ισόχωρες περιοχές σταθερού ποσοστού GC. Στο δεύτερο μέρος του κεφαλαίου εξετάζεται μια ενδιαφέρουσα ιδιότητα όλων των γνωστών γονιδιωμάτων που είναι γνωστή ως ο δεύτερος κανόνας ισοδυναμίας του Chargaff και παρουσιάζονται γονιδιωματικά χαρακτηριστικά που σχετίζονται με αυτόν. Στο επίπεδο των μαθηματικών και υπολογιστικών εννοιών, εισάγονται οι έννοιες της πιθανότητας και των κατανομών. Η κύρια μεθοδολογία που παρουσιάζεται είναι ο έλεγχος απλών στατιστικών υποθέσεων με τη χρήση κανονικοποιημένων κατανομών, οι οποίες παρουσιάζονται μετά από μια εκτενή αναφορά στο Κεντρικό Οριακό Θεώρημα (ΚΟΘ). Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε: 1. Να υπολογίσετε τις συχνότητες εμφάνισης ολιγονουκλεοτιδίων σε γονιδιωματικές αλληλουχίες και τις σχετικές υπερ- και υπο-εκπροσωπήσεις τους. 2. Να εντοπίσετε περιοχές με διαφορετική σύσταση σε πλήρη γονιδιώματα. 3. Να εξετάσετε σε ποιο βαθμό μία ή περισσότερες τιμές από ένα δείγμα διαφέρουν από το σύνολο. 4. Να εντοπίσετε το σημείο έναρξης του αναδιπλασιασμού του DNA σε βακτηριακά γονιδιώματα. (EL)

learningMaterial
bookChapter

ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ (EL)
ΒΙΟΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ (EL)
ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ (EL)
ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ (EL)
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ (EL)
Biostatistics (EN)
Algorithms (EN)
Computational Biology (EN)
Bioinformatics (EN)
Machine Learning (EN)

Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκων Βιβλιοθηκών (EL)
Hellenic Academic Libraries Link (EN)


Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών (EL)
Hellenic Academic Libraries Link (EN)

2015



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)