Preparation of large RNA oligonucleotides with complementary isotope-labeled segments for NMR structural studies

 
Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων
Αποθετήριο :
Ιδρυματικό Αποθετήριο Ολυμπιάς
δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
κοινοποιήστε το τεκμήριο



Preparation of large RNA oligonucleotides with complementary isotope-labeled segments for NMR structural studies (EN)

Tzakos, A. G. (EN)

Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Χημείας (EL)
Tzakos, A. G. (EN)

RNA structure determination by solution NMR spectroscopy is often restricted to small RNAs (<15 kDa) owing to the problem of chemical shift degeneracy. A fruitful coupling of novel NMR techniques with segmental RNA labeling methodologies could be a powerful tool to overcome the molecular mass limitation of RNA NMR spectroscopy. Herein, we describe a time- and cost-effective procedure to prepare and purify segmentally labeled large RNAs. Two sets of RNA fragments with complementary labeling schemes, such as one fragment (13)C- and the other (15)N-labeled, are prepared by in vitro transcription from a single plasmid DNA. The desired RNA fragments are excised from the primary transcript by two cis-acting hammerhead ribozymes, yielding the required engineered ends for subsequent, complementary ligation. The resulting RNA oligonucleotides display NMR spectra with greatly reduced resonance overlap and thus enable NMR studies of smaller labeled RNA segments within the native context of a large RNA. The procedure is expected to take 3-4 weeks to implement. (EN)

Carbon Isotopes (EN)

Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (EL)
University of Ioannina (EN)

Nat Protoc (EN)

Αγγλική γλώσσα

2007


Nature Publishing Group (EN)



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.