Ανάπτυξη ενοποιημένων τεχνικών διαχείρισης και επεξεργασίας βιολογικών δεδομένων με εφαρμογές στη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης

 
see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*
share



PhD thesis (EN)

2008 (EN)
Integrated methods for analysis and processing of biological data apllied on gene expression
Ανάπτυξη ενοποιημένων τεχνικών διαχείρισης και επεξεργασίας βιολογικών δεδομένων με εφαρμογές στη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης

Μαλούση, Αντιγόνη Δ.

Το αντικείμενο της διατριβής είναι η ανάπτυξη τεχνικών ενοποίησης διαδικτυακών εργαλείων και επεξεργασίας βιολογικών δεδομένων με σκοπό την αντιμετώπιση των προβλημάτων υπολογιστικής πρόβλεψης γονιδιακών δομών. Η αρχιτεκτονική ενοποίησης που αναπτύχθηκε για το σκοπό αυτό υποστηρίζει τη διαφανή χρήση διαδικτυακών εργαλείων που επιτελούν κοινές λειτουργίες με δυνατότητα περαιτέρω διαχείρισης των αποτελεσμάτων που εξάγουν. Η αρχιτεκτονική αυτή εφαρμόστηκε σε ένα σύνολο εργαλείων πρόβλεψης γονιδιακών δομών και σηματοδοτικών στοιχείων, όπως οι θέσεις ματίσματος που καθορίζουν σε μεγάλο βαθμό τη γονιδιακή σύνθεση. Για τις θέσεις ματίσματος αναπτύχθηκε επίσης μια υβριδική τεχνική πρόβλεψης που χρησιμοποιεί μια γκαουσιανή μηχανή διανυσμάτων υποστήριξης για την εκπαίδευση των στατιστικών ιδιοτήτων των αλληλουχιών και δένδρων απόφασης για την ταξινόμησή τους βάσει προεπιλεγμένων μοτίβων που προέκυψαν από σχετικές δημοσιευμένες μελέτες. Τέλος, με δεδομένη την αυξημένη συχνότητα των εναλλακτικών μορφών ματίσματος στο γονιδίωμα του ανθρώπου εφαρμόστηκαν τεχνικές ανάλυσης των εγγενών χαρακτηριστικών και των υπερεκφραζόμενων μοτίβων των εξονικών περιοχών καθώς και συσχέτισης της μεθυλίωσης στις παρακείμενες ιντρονικές περιοχές με τον υποκείμενο μηχανισμό του εναλλακτικού ματίσματος
The main objective of this thesis is the development of integrated methods for managing and processing biological data with specific emphasis on their application to computational prediction of gene structures. The integration architecture developed in this thesis offers transparent access to publicly available tools that fulfill common functions, enabling comparative post-analysis of their outcomes. The applicability of the architecture was evaluated on a set of ab-inition gene predictors as well as on different signal detectors including splice sites that heavily define gene structures. This thesis proposes a hybrid method for predicting splice sites that uses a Gaussian support vector machine that is trained on probabilistic data descriptions and decision trees that are induced by combing different evidence from predefined published motifs. Finally, given that alternative splicing is very frequent in human genome the theses proposed different methods for the analysis of the intrinsic features and over-represented motifs of the exonic regions involved in alternative slpicing events as well as for the association of methylation within the adjacent intronic regions with the underlying alternative splicing mechanism

PhD Thesis / Διδακτορική Διατριβή
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis

Alternative splicing
Ενοποίηση εργαλείων
Εναλλακτικό μάτισμα
Μηχανική μάθηση
Machine learning
Βιοπληροφορική
Gene expression
Bioinformatics
Γονιδιακή έκφραση
Tool integration

Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (EL)
Aristotle University of Thessaloniki (EN)

2008
2009-06-21T21:00:00Z


Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Ιατρικής Πληροφορικής
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών

This record is part of 'IKEE', the Institutional Repository of Aristotle University of Thessaloniki's Library and Information Centre found at http://ikee.lib.auth.gr. Unless otherwise stated above, the record metadata were created by and belong to Aristotle University of Thessaloniki Library, Greece and are made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). Unless otherwise stated in the record, the content and copyright of files and fulltext documents belong to their respective authors. Out-of-copyright content that was digitized, converted, processed, modified, etc by AUTh Library, is made available to the public under Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0). You are kindly requested to make a reference to AUTh Library and the URL of the record containing the resource whenever you make use of this material.
info:eu-repo/semantics/openAccess



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)