{ "@graph" : [ { "@id" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/2093906231", "@type" : "skos:Concept", "broader" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/372415443", "exactMatch" : [ "http://vocabularies.unesco.org/thesaurus/mt2.70", "http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85014203", "http://semantics.gr/authorities/ekt-unesco/1557599901", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc/2093906231", "http://semantics.gr/authorities/Frascati/biologikes-episthmes-" ], "narrowMatch" : [ "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc/1251972384", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc/924420000", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc/1506618712" ], "narrower" : [ "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1220948595", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/310644053", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1328079014", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1506038149", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/64475998", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1884347268", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1879170508", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/720262180", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1222925350", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1596304403", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1741805564", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/825634792", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/593145814", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1365405261", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/176429259", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/668013742", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/577051391", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/2054139896", "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1067016597" ], "note" : { "@language" : "en", "@value" : "Frascati 42" }, "prefLabel" : [ { "@language" : "el", "@value" : "Βιολογία" }, { "@language" : "en", "@value" : "Biological sciences" } ] }, { "@id" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/metaptyxiakh-ergasia", "@type" : "skos:Concept", "broader" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/Research-Paper-", "exactMatch" : "http://vocab.getty.edu/aat/300077723", "prefLabel" : [ { "@language" : "en", "@value" : "Master thesis" }, { "@language" : "el", "@value" : "Μεταπτυχιακή εργασία" } ] }, { "@id" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/aggregation/provider/000018-dlib_6_e_c_metadata-dlib-1689069337-960359-31659.tkl%231", "@type" : "ore:Aggregation", "aggregatedCHO" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/elocus/000018-dlib_6_e_c_metadata-dlib-1689069337-960359-31659.tkl", "dataProvider" : "Πανεπιστήμιο Κρήτης", "isShownAt" : "https://elocus.lib.uoc.gr/dlib/6/e/c/metadata-dlib-1689069337-960359-31659.tkl", "provider" : "Greek Aggregator OpenArchives.gr | National Documentation Centre (EKT)" }, { "@id" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/elocus/000018-dlib_6_e_c_metadata-dlib-1689069337-960359-31659.tkl", "@type" : "edm:ProvidedCHO", "contributor" : "Τσατσάνης, Χρήστος", "creator" : "Μαράβα, Ισμήνη Α.", "description" : [ { "@language" : "el", "@value" : "Τα μακροφάγα αποτελούν έναν εξαιρετικά ετερογενή πληθυσμό, τα οποία επιτελούν\nποικίλους ρόλους στην ανοσολογική απόκριση όπως η αντιμετώπιση των παθογόνων, η\nεπίλυση της φλεγμονής και η διατήρηση της ομοιόστασης του ιστού. Παρουσία\nδιαφορετικών σημάτων αποκτούν διαφορετικούς φαινοτύπους που χαρακτηρίζονται από\nδιακριτή μεταγραφική, επιγενετική και μεταβολική ρύθμιση. Ο μεταβολισμός έχει κεντρικό\nρόλο στην ενεργοποίηση των μακροφάγων. Διαφορετικά σήματα προκαλούν αλλαγές στον\nμεταβολισμό, οι οποίες επηρεάζουν την ενεργοποίηση των μακροφάγων και υποστηρίζουν\nτην λειτουργική τους ετερογένεια. Η PHF8 ανήκει στην οικογένεια των απομεθυλασών\nλυσίνης που περιέχουν τομέα jumonji C. Αρχικά δεδομένα του εργαστηρίου είχαν δείξει\nδιαφορές στην έκφραση προφλεγμονωδών γονιδίων σε κυτταρικές σειρές Raw264.7 που\nυπερεκφράζουν την PHF8 και κυτταρικές σειρές Raw264.7 όπου η PHF8 έχει σιγηθεί. Οι\nκυτταρικές σειρές που υπερεκφράζουν την PHF8 εμφανίζουν χαμηλότερη έκφραση\nπροφλεγμονωδών μαρτύρων , ενώ το αντίθετο παρατηρείται στις knock out κυτταρικές\nσειρές μετά από επαγωγή με LPS. Προκειμένου να διερευνήσουμε περαιτέρω τον\nμηχανισμό με τον οποίο η PHF8 ρυθμίζει την ανοσολογική απόκριση πραγματοποιήσαμε\nπείραμα αλληλούχισης RNA. Τα αποτελέσματα αποκάλυψαν διαφορές σε μεταβολικά\nγονίδια όπως γονίδια που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση λιπιδίων και πρωτεϊνών, η ρύθμιση\nτων οποίων από την PHF8 πιθανόν να αποτελεί ένα μηχανισμό μέσω του οποίου η PHF8\nρυθμίζει την ενεργοποίηση των μακροφάγων. Παράλληλα εντοπίσαμε διαφορές στην\nενεργοποίηση του mTORC1, σύμπλοκο στο οποίο επιδρούν ποικίλα ερεθίσματα και\nρυθμίζει μεταβολικά μονοπάτια. Κύτταρα που υπερέκφραζαν την PHF8 παρουσίαζαν\nαυξημένη ενεργοποίηση του συμπλόκου mTORC1 στα βασικά επίπεδα, ενώ αυτό δεν\nεμφάνιζε περαιτέρω ενεργοποίηση μετά από επαγωγή με LPS σε αντίθεση με τα κύτταρα\nαναφοράς. Το mTORC1 ενεργοποιεί τον μεταγραφικό παράγοντα Hif1a, ο οποίος με τη\nσειρά του ρυθμίζει την έκφραση γλυκολυτικών γονιδίων, χαρακτηριστικό των M1\nμακροφάγων. Σε συμφωνία με τα αποτελέσματα σχετικά με την ενεργοποίηση του mTORC1\nγλυκολυτικά γονίδια όπως η εξοκινάση 3 (hk3) και η φωσφοφρουκτοκινάση (pfkp)\nεμφανίζουν αυξημένη έκφραση στα βασικά επίπεδα αλλά δεν εμφανίζουν επιπλέον αύξηση\nμετά από χειρισμό με LPS στα κύτταρα που υπερεκφράζουν την PHF8, φαινόμενο που θα\nμπορούσε να εξηγεί την μειωμένη έκφραση κυτταροκινών στα κύτταρα που\nυπερεκφράζουν την PHF8. Επιπροσθέτως τα αποτελέσματα της αλληλούχισης RNA έδειξαν\nαυξημένη έκφραση γονιδίων που σχετίζονται με το stress ενδοπλασματικού δικτύου,\nαποτέλεσμα το οποίο επιβεβαιώσαμε και με ανάλυση κατά Western. Ο ανασταλτικός ρόλος\nτης PHF8 στην κλασσική ενεργοποίηση των μακροφάγων όπως και αυξημένη παραγωγή\nTNF μετά από πρωτόκολλο ανοχής στην ενδοτοξίνη παρατηρήθηκε επίσης και σε BMDMs\nποντικών μετά από σίγηση της PHF8. Τέλος δείξαμε ότι η PHF8 επάγεται μετά από χειρισμό\nμε α-κετογλουταρικό, έναν μεταβολίτη που έχει δειχθεί ότι επάγει ανοχή. Συνεπώς η PHF8\nθα μπορούσε να είναι ένας επιγενετικός ρυθμιστής που διαμεσολαβεί αυτόν τον\nφαινότυπο. Συμπερασματικά στην παρούσα εργασία δείξαμε ότι η απομεθυλάση ιστονών\nPHF8 είναι βασικός ρυθμιστής της ενεργοποίησης των μακροφάγων όπως και του\nμεταβολισμού, ενώ πιθανόν συντελεί στην ανάπτυξη της ανοχής στην ενδοτοξίνη." }, { "@language" : "en", "@value" : "Macrophages as a population display great heterogeneity and serve various functions in\nimmune response including elimination of pathogens, resolution of inflammation and tissue\nhomeostasis. In response to different stimuli they exhibit great plasticity reflected at the\ntranscriptional, epigenetic and metabolic level. Metabolism has a central role during\nmacrophage activation. Different polarizing signals cause distinct metabolic changes, which\ngovern macrophage activation and support the great macrophage plasticity. PHF8 is a\nJumonji C domain containing histone lysine demethylase. Preliminary data have shown\ndifferences in inflammatory response in Raw264.7 cells overexpressing (O/E) PHF8 and\nRaw264.7 cells knock out (K.O.) for PHF8 with cells overexpressing PHF8 having lower levels\nof proinflammatory markers production and K.O. cells having enhanced proinflammatory\nphenotype after LPS stimulation. We performed RNA sequencing in these cells to gain\nfurther insight into the mechanism of PHF8 regulation of immune response. The results\nrevealed differences in metabolic genes such as genes involved in lipid and protein\nbiosynthesis, whose regulation of expression by PHF8 may underlie its inhibitory role in\nclassic macrophage activation. In support to this notion mTORC1, a central complex which\nincorporates various signals and regulates metabolic pathways was positively regulated by\nPHF8 at the naïve state, but had impaired activation after LPS treatment in cells\noverexpressing PHF8. mTORC1 activates Hif1a, which in turn control glycolytic gene\nexpression, a hallmark of M1 macrophages. Consistent with mTORC1 activation, major\nglycolytic genes such as hk3 and pfkp have increased expression at the naïve state but no\nfurther induction in PHF8 overexpressing cells, which could explain the reduced\nresponsiveness of PHF8 O/E cells. Additionally in the RNA sequencing results we observed\nincreased expression of E.R. stress induced genes, which we also validated by western blot.\nThe negative role of PHF8 in classic macrophage activation was also observed in mouse\nBMDMs combined with enhanced TNF production at the endotoxin tolerant state in PHF8\nknock down BMDMs. mTORC1 activation was also increased at the endotoxin tolerant state\nin PHF8 knock down BMDMs. Last but not least we showed that PHF8 expression is induced\npost α-KG treatment, a metabolite known to induce tolerance, indicating that PHF8 is a\npossible mediator of this phenotype. In conclusion, we showed in the present study that the\nhistone demethylase PHF8 is a negative regulator of macrophage activation and an\nimportant regulator of macrophage metabolism revealing its potential role in shaping\nmacrophage phenotype in the context of endotoxin tolerance." } ], "format" : { "@language" : "el", "@value" : "54 σ. : πίν., σχήμ., εικ. ; 30 εκ." }, "identifier" : [ "000457106", "http://elocus.lib.uoc.gr:443/dlib/6/e/c/metadata-dlib-1689069337-960359-31659.tkl" ], "language" : "eng", "subject" : [ "Demethylase", "Epigenetics", "Μεταβολισμός", { "@id" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/2093906231" }, "Επιγενετική", "Απομεθυλάσες" ], "title" : [ "The role of PHF8 in metabolism during macrophage activation", "Ο ρόλος της PHF8 στη ρύθμιση μεταβολικών γονιδίων κατά την ενεργοποίηση των μακροφάγων" ], "type" : [ "text", "Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης", { "@id" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/metaptyxiakh-ergasia" } ], "created" : "2023-07-28" } ], "@context" : { "language" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/language" }, "title" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/title" }, "contributor" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/contributor" }, "description" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/description" }, "subject" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/subject" }, "identifier" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/identifier" }, "type" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/type" }, "created" : { "@id" : "http://purl.org/dc/terms/created" }, "format" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/format" }, "creator" : { "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/creator" }, "provider" : { "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/provider" }, "isShownAt" : { "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/isShownAt", "@type" : "@id" }, "dataProvider" : { "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/dataProvider" }, "aggregatedCHO" : { "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/aggregatedCHO", "@type" : "@id" }, "exactMatch" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch", "@type" : "@id" }, "broader" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#broader", "@type" : "@id" }, "prefLabel" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel" }, "note" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#note" }, "narrower" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#narrower", "@type" : "@id" }, "narrowMatch" : { "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#narrowMatch", "@type" : "@id" }, "ore" : "http://www.openarchives.org/ore/terms/", "owl" : "http://www.w3.org/2002/07/owl#", "svcs" : "http://rdfs.org/sioc/services#", "skos" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#", "rdfs" : "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#", "rdaGr2" : "http://rdvocab.info/ElementsGr2/", "edm" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/", "ekt" : "https://www.semantics.gr/authorities/schemanamespaces/ekt#", "doap" : "http://usefulinc.com/ns/doap#", "rdf" : "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#", "xalan" : "http://xml.apache.org/xalan", "dcterms" : "http://purl.org/dc/terms/", "wgs84_pos" : "http://www.w3.org/2003/01/geo/wgs84_pos#", "foaf" : "http://xmlns.com/foaf/0.1/", "crm" : "http://www.cidoc-crm.org/rdfs/cidoc_crm_v5.0.2_english_label.rdfs#", "dc" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/" } }