e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας
(EL)
Σκοπός του πειράματος ήταν να μελετηθεί η Διακριτική Ικανότητα και λοιπές λειτουργικές
παράμετροι πηκτωμάτων αγαρόζης τυπικών ηλεκτροφορητικών εφαρμογών διαφόρων συγκεντρώσεων
με βάση εργαστηριακά ευρήματα και αποτελέσματα και να γίνει μια τεκμηριωμένη κατηγοριοποίηση
αυτών ανάλογα με την ικανότητά τους να διαχωρίζουν θραύσματα DNA διαφόρων μεγεθών με
αναλυτική επάρκεια.
Στο πείραμα χρησιμοποιήθηκαν πηκτώματα αγαρόζης σε ΤΒΕ συγκέντρωσης 0,5%, 0,8%, 1,2%,
1,6%, 2%, 2,5%, 3% και 3,5% και σε αυτά ηλεκτροφορήθηκαν δείγματα DNA από PCR
μυκητολογικών εφαρμογών τυχαίας διαλογής και πρότυπος ενδείκτης μοριακών μεγεθών
κλιμακούμενου βήματος 100 ζευγών βάσεων. Η κάθε ηλεκτροφόρηση ήταν κανονικοποιημένη με
βάση την άφιξη της ταχείας χρωστικής του διαλύματος φόρτωσης στο άκρο του πηκτώματος.
Τα πηκτώματα φωτογραφήθηκαν και, χρησιμοποιώντας τυπικά λογισμικά εργαλεία ευρείας χρήσης σε
ηλεκτρονικούς υπολογιστές (Microsoft Excel, Microsoft Word) καταρτίστηκαν πρότυπες καμπύλες
κινητικότητας-μεγέθους ζωνών ανά πήκτωμα και προέκυψαν διαγράμματα μεταβολής
ηλεκτροφορητικών ιδιοτήτων σε συνάρτηση με τη συγκέντρωση. Ειδικότερα εξετάστηκε το κατά πόσο
υπήρξε ισοταχής μετανάστευση κάποιων ζωνών του ενδείκτη με κάποια από τις χρωστικές του
διαλύματος φόρτωσης καθώς και η Διακριτική Ικανότητα και το Εύρος Ένδειξης κάθε πηκτώματος,
αλλά και άλλων συναρτημένων μεγεθών και παραμέτρων που ορίστηκαν.
Βάσει των συμπερασμάτων προτείνεται η χρήση διαφορετικής συγκέντρωσης πηκτωμάτων ανάλογα
με την εφαρμογή και το αναμενόμενο, προβλεπόμενο ή γνωστό μέγεθος τμημάτων που θα
ηλεκτροφορηθούν.
(EL)
e-Journal of Science & Technology
(EN)
The purpose of this experiment was to study the discriminatory capacity and other functional
parameters of varying agarose gel concentrations, and to create a documented classification according
to concentration and ability to separate DNA fragments of various sizes with analytical efficiency.
The experiment utilized agarose-TBE gels at concentrations of 0.5%, 0.8%, 1.2%, 1.6%, 2%, 2.5%, 3%
and 3.5%. Electrophoresis was performed using randomly selected amplicons from fungal PCR
reactions and a molecular marker (100-bp DNA ladder). Each electrophoresis was normalized to the
migrating first loading buffer dye, bromophenol blue, reaching the bottom of the gel.
The gels were photographed and widely available computer software tools (Microsoft Excel,
Microsoft Word) were utilized to compile mobility - band size standard curves for each gel and
resulted in charts indicating the alteration of electrophoretic properties in correlation with
concentration. Specifically, the co-migration of DNA ladder bands and the loading buffer dyes was
examined, and the Discriminatory Power, the Resolution Spectrum, and other correlated measurements
and parameters were defined, calculated for each gel, and plotted for the whole gel range.
Based on the results, we suggest the use of varying gel concentrations, according to the
application sought and the prospective, expected or known fragment size to undergo electrophoresis.
(EN)
