{
  "@graph" : [ {
    "@id" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1269940919",
    "@type" : "skos:Concept",
    "broader" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1207796479",
    "exactMatch" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc/1269940919",
    "prefLabel" : [ {
      "@language" : "el",
      "@value" : "Μοριακή ιατρική"
    }, {
      "@language" : "en",
      "@value" : "Molecular Medicine"
    } ],
    "relatedMatch" : [ "http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85086577", "http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85014171", "http://vocabularies.unesco.org/thesaurus/concept221", "http://vocabularies.unesco.org/thesaurus/concept226", "http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85035240", "http://vocabularies.unesco.org/thesaurus/concept218" ]
  }, {
    "@id" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/metaptyxiakh-ergasia",
    "@type" : "skos:Concept",
    "broader" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/Research-Paper-",
    "exactMatch" : "http://vocab.getty.edu/aat/300077723",
    "prefLabel" : [ {
      "@language" : "en",
      "@value" : "Master thesis"
    }, {
      "@language" : "el",
      "@value" : "Μεταπτυχιακή εργασία"
    } ]
  }, {
    "@id" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/aggregation/provider/000005-uoadl%3A1310875%231",
    "@type" : "ore:Aggregation",
    "aggregatedCHO" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/pergamos/000005-uoadl%3A1310875",
    "dataProvider" : "Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών",
    "isShownAt" : "https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/uoadl:1310875",
    "object" : "http://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/frontend/preview/lib/default/data/1310875",
    "provider" : "Greek Aggregator OpenArchives.gr | National Documentation Centre (EKT)",
    "edm:rights" : {
      "@id" : "http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/"
    }
  }, {
    "@id" : "https://www.openarchives.gr/aggregator-openarchives/edm/pergamos/000005-uoadl%3A1310875",
    "@type" : "edm:ProvidedCHO",
    "creator" : {
      "@language" : "el",
      "@value" : "Αυγέρης Ευθύμιος Γεώργιος"
    },
    "description" : [ {
      "@language" : "el",
      "@value" : "Οι αποκρίσεις των κυττάρων σε παθογόνους μικροοργανισμούς, ιδιαίτερα σε ιούς, \nαποτελούν τις περισσότερο μελετημένες περιπτώσεις κυτταρικών αποκρίσεων σε \nεξωτερικά ερεθίσματα. Οι φαινοτυπικές αλλαγές των κυττάρων-ξενιστών \nσυνοδεύονται με χαρακτηριστικές αλλαγές στη γονιδιακή τους έκφραση. Τεχνικές \nπου χρησιμοποιούν DNA μικροσυστοιχίες αλλά και ακόμη πιο σύγχρονες τεχνικές \nαλληλούχησης των μεταγράφων (RNA-seq) παρέχουν τη δυνατότητα εντοπισμού με \nακρίβεια των γονιδίων που εκφράζονται αλλά και του βαθμού στον οποίο αλλάζει η \nέκφρασή τους κατόπιν μόλυνσης με κάποιο ιό ή βακτήριο. Η ανάλυση τέτοιων \nπειραμάτων προσφέρει σημαντικές πληροφορίες για τα γονίδια που εμπλέκονται \nστους μηχανισμούς με τους οποίους αποκρίνονται τα κύτταρα-ξενιστές στη μόλυνση \nκαι καθορίζουν την επιβίωσή τους.\nΗ ρύθμιση αυτών των γονιδίων πραγματοποιείται από τη συντονισμένη αλληλεπίδραση \nτων μεταγραφικών παραγόντων αλλά και των τοπικών επιλεκτικών τροποποιήσεων των \nιστονών με το DNA. Με την τεχνική της ανοσοκατακρήμνισης και της ακόλουθης \nαλληλούχησης των DNA τμημάτων που απομονώνονται (ChIP-seq) μπορούν να \nεντοπιστούν οι θέσεις πρόσδεσής των μεταγραφικών παραγόντων και οι \nτροποποιήσεις των ιστονών σε διάφορα γονίδια. Ο συνδυασμός πληροφοριών από τις \nπαραπάνω τεχνικές μπορεί να αποκαλύψει τους περίπλοκους μηχανισμούς που \nενεργοποιούνται στα κύτταρα μετά από ιικές μολύνσεις. Μπορεί επίσης να \nεντοπιστούν κάποια γονίδια που υπερεκφράζονται στην πλειοψηφία των κυτταρικών \nσειρών κατόπιν μόλυνσης με παθογόνους μικροοργανισμούς. Στην παρούσα εργασία \nσυλλέχθηκαν δεδομένα πειραμάτων DNA μικροσυστοιχιών και RNA-seq από τις βάσεις \nδεδομένων GeoDatasets, Array Express και SRA όπου είχαν προηγηθεί μολύνσεις \nανθρώπινων κυττάρων με ιούς και βακτήρια. Επιπλέον χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα \nαπό ChIP-seq πειράματα από τη βάση δεδομένων του ENCODE. Από την ανάλυση αυτών \nτων δεδομένων εντοπίστηκε μία ομάδα 348 γονιδίων των οποίων η έκφραση \nεμφανίζεται να αυξάνεται κατόπιν μόλυνσης σε διάφορες ανθρώπινες κυτταρικές \nσειρές. Χαρακτηρίστηκαν επίσης οι μεταγραφικοί παράγοντες αλλά και οι ιστονικές \nτροποποιήσεις που πιθανώς ρυθμίζουν την έκφραση αυτών των γονιδίων σε τρείς \nκυτταρικές σειρές."
    }, {
      "@language" : "en",
      "@value" : "The responses of host cells to pathogenic microorganisms are among the \nmost-well studied examples of cellular responses to external stimuli. \nPathogen-induced phenotypic changes in host cells are often accompanied by \nmarked changes in gene expression. DNA microarrays and the most recent RNA-seq \ntechnologies provide us with the ability to monitor the changes in the \nabundance of transcripts after virus or bacterial infection. Analysis of such \nexperiments offers important information for the genes that are involved in the \ncellular response mechanisms upon the infection and are considered crucial for \nthe survival of the cells.\nGenes are regulated by the coordinated interactions of transcription factors \nand histone modification with the DNA. ChIP-seq technology unravels the binding \npositions of the transcription factors and the histone modifications of the \nsurrounding chromatin of the genes. The combination of the data coming from the \nabove experiments can illuminate the complicated mechanisms that are activated \nas the cells response to the infection. Moreover some central genes that are \nupregulated in most cell lines after the virus or bacterial infection can be \nidentified. In this thesis data from DNA microarrays and RNA-seq experiments on \nhuman cell lines infected with viruses and bacteria were used. The data were \ndownloaded from GeoDatasets, Array Express and SRA databases, while data of \nChIP-seq experiments from the ENCODE database were also gathered. From the \nanalyses of those data, 348 genes were identified that were overexpressed after \nvirus and bacterial infection in the majority of the studied cell lines. \nFinally transcription factors and histone modifications that regulate those \ngenes were identified in 3 cell lines."
    } ],
    "identifier" : "uoadl:1310875",
    "language" : "gre",
    "rights" : "https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/",
    "subject" : "http://semantics.gr/authorities/EKT-voc-classifier/1269940919",
    "title" : "Δίκτυα μεταγραφικών παραγόντων και επαναπρογραμματισμός του ανθρώπινου γονιδιώματος μετά από ιική μόλυνση",
    "type" : [ "born_digital_postgraduate_thesis", {
      "@id" : "http://semantics.gr/authorities/openarchives-item-types/metaptyxiakh-ergasia"
    }, {
      "@language" : "en",
      "@value" : "Postgraduate Thesis"
    }, {
      "@language" : "el",
      "@value" : "Διπλωματική Εργασία"
    } ],
    "created" : "2014"
  } ],
  "@context" : {
    "identifier" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/identifier"
    },
    "language" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/language"
    },
    "creator" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/creator"
    },
    "type" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/type"
    },
    "description" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/description"
    },
    "created" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/terms/created"
    },
    "rights" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/rights",
      "@type" : "@id"
    },
    "title" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/title"
    },
    "subject" : {
      "@id" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/subject",
      "@type" : "@id"
    },
    "exactMatch" : {
      "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch",
      "@type" : "@id"
    },
    "broader" : {
      "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#broader",
      "@type" : "@id"
    },
    "prefLabel" : {
      "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel"
    },
    "relatedMatch" : {
      "@id" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#relatedMatch",
      "@type" : "@id"
    },
    "provider" : {
      "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/provider"
    },
    "object" : {
      "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/object",
      "@type" : "@id"
    },
    "isShownAt" : {
      "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/isShownAt",
      "@type" : "@id"
    },
    "dataProvider" : {
      "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/dataProvider"
    },
    "aggregatedCHO" : {
      "@id" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/aggregatedCHO",
      "@type" : "@id"
    },
    "ore" : "http://www.openarchives.org/ore/terms/",
    "owl" : "http://www.w3.org/2002/07/owl#",
    "svcs" : "http://rdfs.org/sioc/services#",
    "skos" : "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#",
    "rdfs" : "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#",
    "rdaGr2" : "http://rdvocab.info/ElementsGr2/",
    "edm" : "http://www.europeana.eu/schemas/edm/",
    "ekt" : "https://www.semantics.gr/authorities/schemanamespaces/ekt#",
    "doap" : "http://usefulinc.com/ns/doap#",
    "rdf" : "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#",
    "xalan" : "http://xml.apache.org/xalan",
    "dcterms" : "http://purl.org/dc/terms/",
    "wgs84_pos" : "http://www.w3.org/2003/01/geo/wgs84_pos#",
    "foaf" : "http://xmlns.com/foaf/0.1/",
    "crm" : "http://www.cidoc-crm.org/rdfs/cidoc_crm_v5.0.2_english_label.rdfs#",
    "dc" : "http://purl.org/dc/elements/1.1/"
  }
}