Impact of an eutrophic environment on two commercially important bivalve’s microbiome along with the detection of some potential pathogens, in Themaikos gulf, Greece
Επίδραση ενός ευτροφικού περιβάλλοντος στο μικροβίωμα δυο εμπορικά σημαντικών δίθυρων και ανίχνευση ορισμένων πιθανών παθογόνων στον Θερμαϊκό κόλπο, στην Ελλάδα
Impact of an eutrophic environment on two commercially important bivalve’s microbiome along with the detection of some potential pathogens, in Themaikos gulf, Greece
Το Mytilus galloprovincialis και το Modiolus barbatus αποτελούν δύο εμπορικά και σημαντικά είδη θαλάσσιων διθύρων τα οποία συνυπάρχουν στον Θερμαϊκό κόλπο, στην Ελλάδα και μοιράζονται κοινή τακτική σίτισης μέσω φιλτραρίσματος. Ωστόσο, δεν υπάρχουν πολλές πληροφορίες διαθέσιμες σχετικά με τον αντίκτυπο που έχει το εξαιρετικά ευτροφικό δομημένο περιβάλλον, όταν αυτό τα περιβάλει, στο σχηματισμό του μικροβιώματος τους. Στην παρούσα μελέτη, διερευνήθηκε το μικροβίωμα των M. galloprovincialis, M. Barbatus όπως και του θαλάσσιου νερού που τα περιβάλλει. Οι δειγματοληψίες πραγματοποιήθηκαν σε μυδοκαλλιέργειες όπως και σε παράκτιες εκτάσεις στον Θερμαϊκό κόλπο, ενώ η ανάλυση του μικροβιώματος έγινε εφικτή με την χρήση Τεχνολογιών Αλληλούχισης Τρίτης Γενιάς (NGS) στοχεύοντας το γονίδιο 16S rRNA. Στα ακατέργαστα δεδομένα πραγματοποιήθηκε η απαραίτητη βιοπληροφορική ανάλυση με σκοπό να είναι σε μορφή που θα επιτρέπει την συμμετοχή τους σε ταξινομικές αναλύσεις και αναλύσεις προσδιορισμού ποικιλότητας με σκοπό της εξαγωγή των αποτελεσμάτων.
Από τα αποτελέσματα προέκυψε ότι το προφίλ του μικροβιώματος του M. galloprovincialis, του M. barbatus και του θαλασσινού νερού ήταν διαφορετικό. Σε επίπεδο γένους, στο περιβάλλον νερό γύρω από τις υδατοκαλλιέργειες κυριαρχούσε το HIMB11, ενώ στα δείγματα ευτροφικού νερού κυριαρχούσαν οι Limnohabitans. Σε αντίθεση με το M. galloprovincialis στο οποίο κυριαρχούσαν τα μέλη του γένους Mycoplasma, το M. barbatus αποτελείτο κυρίως από μέλη Spirochaeta. Από τα παραπάνω αποτελέσματα, μπορούν να προκύψουν ενδιαφέροντα συμπεράσματα ως προς την σύσταση του μικροβιακού τους προφίλ αλλά και τον ρόλο που διακατέχει η κοινή τακτική σίτισης τους και η διαφορετική τους οικόθεση. Επιπλέον, στα δείγματα ανιχνεύθηκαν είδη τα οποία μπορούν να αποτελέσουν παθογόνα για τα θαλάσσια δίθυρα M. galloprovincialis και M. Barbatus ή να προκαλέσουν μια παθογένεια στον άνθρωπο έπειτα από την κατανάλωση τους. Ταυτόχρονα, εντοπίστηκαν είδη όπως το Vibrio crassostreae, τα οποία εκμεταλλεύονται τα δίθυρα αυτά ως ενδιάμεσους ξενιστές με σκοπό την διατήρηση των πληθυσμών τους και την διασπορά τους σε άλλα είδη στα οποία θα προκαλέσουν παθογένεια. Επιπλέον, άλλα πιθανά παθογόνα που ανιχνεύθηκαν και αξίζει να αναφερθούν ήταν τα Vibrio harveyi, Vibrio alginolyticus και Vibrio mediterranei, τα οποία για πρώτη φορά εντοπίστηκαν να φιλοξενούνται από μύδια και χάβαρα, ενώ αξιοσημείωτη είναι και η αναφορά ενός σοβαρού παθογόνου το οποίο ταυτοποιήθηκε και σχετίζεται άμεσα με το κρίσιμα απειλούμενο είδος Pinna nobilis. Το γεγονός ότι μερικά είδη εντοπίστηκαν για πρώτη φορά στα M. galloprovincialis και M. Barbatus ενισχύει την άποψη
5
ότι η γνώση γύρω από το πεδίο αυτό είναι σε αρκετά πρώιμο στάδιο και επισημαίνεται η ανάγκη για περεταίρω έρευνα έτσι ώστε να υπάρχει μια πιο ολοκληρωμένη εικόνα για το μικροβίωμα των οργανισμών αυτών και πως αυτό επηρεάζεται από το περιβάλλοντα ευτροφικό θαλάσσιο νερό.
Democritus University of Thrace
