Το ανθρώπινο μικροβίωμα μπορεί να αποτελέσει από μόνο του ένα ξεχωριστό όργανο που ενισχύει την άμυνα του οργανισμού, αποτρέπει την εγκατάσταση παθογόνων μικροοργανισμών και συμμετέχει στη σύνθεση βιταμινών. Επιπλέον υφίσταται κάποιες μεταβολές, οι οποίες ενισχύονται περισσότερο κατά την εγκυμοσύνη λόγω των ορμονών. Οι μεταβολές αυτές οφείλονται κυρίως στη διατροφή, στις λοιμώξεις, στην κατάσταση υγείας της μητέρας, στη λήψη αντιβιοτικών και στο άγχος. Το μητρικό μικροβίωμα μεταφέρεται στο έμβρυο, κυρίως μέσω του πλακούντα και αποτελεί την πρώτη πηγή των μικροβίων που θα προετοιμάσουν το ανοσοποιητικό του σύστημα. Κατά τον κολπικό τοκετό και τον θηλασμό, το νεογνό θα έρθει σε επαφή με ακόμα περισσότερα μικρόβια για τα οποία το ανοσοποιητικό του είναι ήδη εκπαιδευμένο. Αυτά τα μικρόβια θα αποικήσουν κάθε εκτεθειμένη περιοχή του όπως το δέρμα, το στόμα, ο γαστρεντερικός σωλήνας και οι πνεύμονες. Το μητρικό μικροβίωμα δημιουργεί ένα ισχυρό ανοσοποιητικό για το νεογνό και το προστατεύει από αλλεργίες, άσθμα, γαστρεντερικές παθήσεις, παχυσαρκία και σακχαρώδη διαβήτη τύπου 1.