Ο βιολογικός καθαρισμός είναι η διαδικασία καθαρισμού αποβλήτων με βιολογική μέθοδο. Με τη μέθοδο αυτή οργανικές , μεταλλικές και άλλες ουσίες μετατρέπονται σε φυσικά μη τοξικά απόβλητα και αποχωρίζονται από αυτές οι ανόργανες ουσίες. Ο βιολογικός καθαρισμός ,σε συνδυασμό με άλλες σύγχρονες μεθόδους απόσυρσης των αποβλήτων ,θα παίξει σημαντικό ρόλο στη διατήρηση ενός καθαρού περιβάλλοντος. Ήδη σε πολλές βιομηχανικές μονάδες χρησιμοποιούνται βιολογικά φίλτρα καθαρισμού των λυμάτων τους. Εξάλλου όλο και περισσότεροι αποχετευτικοί οργανισμοί πόλεων εγκαθιστούν συστήματα βιολογικού καθαρισμού για τα απόβλητα των οικιστικών περιοχών.