1. Αρχική σελίδα
  2. Αναζήτηση

Development of a cascade processing method for microarray spot segmentation

Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Technological Educational Institute of Athens   

Αποθετήριο :
Ypatia - Institutional Repository   

δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*



Development of a cascade processing method for microarray spot segmentation (EN)
Δασκαλάκης, Αντώνης (EL)
Μπουγιούκος, Παναγιώτης (EL)
Κάβουρας, Διονύσης Α. (EL)
Καλατζής, Ιωάννης (EL)
Κωστόπουλος, Σπυρίδων (EL)
Νικηφορίδης, Γεώργιος Σ. (EL)
Καγκάδης, Γεώργιος Χ. (EL)
full paper
conferenceItem
2015-05-12T14:16:03Z
2015-05-12
2007
A new method is proposed for improving microarray spot segmentation for gene quantification. The method introduces a novel combination of three image processing stages, applied locally to each spot image: i/ Fuzzy C-Means unsupervised clustering, for automatic spot background noise estimation, ii/ power spectrum deconvolution filter design, employing background noise information, for spot image restoration, iii/ Gradient-Vector-Flow (GVF-Snake), for spot boundary delineation. Microarray images used in this study comprised a publicly available dataset obtained from the database of the MicroArray Genome Imaging & Clustering Tool website. The proposed method performed better than the GVF-Snake algorithm (Kullback-Liebler metric: 0.0305 bits against 0.0194 bits) and the SPOT commercial software (pairwise mean absolute error between replicates: 0.234 against 0.303). Application of efficient adaptive spot-image restoration on cDNA microarray images improves spot segmentation and subsequent gene quantification. (DE)
Iberian Conference IbPRIA (EN)
Proccedings (EN)
**N/A**-Τεχνολογία
Ποσοτικοποίηση γονίδίου
Βιοϊατρική τεχνολογία
Technology
http://zbw.eu/stw/descriptor/10470-6
Gene quantification
Εφαρμογή
Application
http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85014237
**N/A**-Βιοϊατρική τεχνολογία
Biomedical engineering
Τεχνολογία
Springer Berlin Heidelberg (EN)
Τ.Ε.Ι. Αθήνας. Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών. Τμήμα Μηχανικών Βιοϊατρικής Τεχνολογίας Τ.Ε. (EL)
http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-72847-4_53
Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ηνωμένες Πολιτείες
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
campus
Technological Educational Institute of Athens
Ypatia - Institutional Repository
Δημοσιεύσεις



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.