Development of a cascade processing method for microarray spot segmentation

 
Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
ΤΕΙ Αθήνας
Αποθετήριο :
Υπατία - Ιδρυματικό Αποθετήριο
δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
κοινοποιήστε το τεκμήριο



Development of a cascade processing method for microarray spot segmentation (EN)

Δασκαλάκης, Αντώνης (EL)
Μπουγιούκος, Παναγιώτης (EL)
Κάβουρας, Διονύσης Α. (EL)
Καλατζής, Ιωάννης (EL)
Κωστόπουλος, Σπυρίδων (EL)

Νικηφορίδης, Γεώργιος Σ. (EL)
Τ.Ε.Ι. Αθήνας. Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών. Τμήμα Μηχανικών Βιοϊατρικής Τεχνολογίας Τ.Ε. (EL)
Καγκάδης, Γεώργιος Χ. (EL)

A new method is proposed for improving microarray spot segmentation for gene quantification. The method introduces a novel combination of three image processing stages, applied locally to each spot image: i/ Fuzzy C-Means unsupervised clustering, for automatic spot background noise estimation, ii/ power spectrum deconvolution filter design, employing background noise information, for spot image restoration, iii/ Gradient-Vector-Flow (GVF-Snake), for spot boundary delineation. Microarray images used in this study comprised a publicly available dataset obtained from the database of the MicroArray Genome Imaging & Clustering Tool website. The proposed method performed better than the GVF-Snake algorithm (Kullback-Liebler metric: 0.0305 bits against 0.0194 bits) and the SPOT commercial software (pairwise mean absolute error between replicates: 0.234 against 0.303). Application of efficient adaptive spot-image restoration on cDNA microarray images improves spot segmentation and subsequent gene quantification. (DE)

full paper
conferenceItem

Ποσοτικοποίηση γονίδίου (EN)
Gene quantification (EN)
Εφαρμογή (EN)
Application (EN)

ΤΕΙ Αθήνας (EL)
Technological Educational Institute of Athens (EN)

Iberian Conference IbPRIA (EN)

Αγγλική γλώσσα

2007

DOI 10.1007/978-3-540-72847-4_53

Springer Berlin Heidelberg (EN)



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.