1. Αρχική σελίδα
  2. Αναζήτηση

Combined logical and data-driven models for linking signalling pathways to cellular response

Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο   

Αποθετήριο :
Ψηφιακό Αποθετήριο της Κεντρικής Βιβλιοθήκης του ΕΜΠ | Dspace@NTUA   

δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*



Combined logical and data-driven models for linking signalling pathways to cellular response (EN)
Melas, IN (EN)
Weiss, TS (EN)
Alexopoulos, LG (EN)
Mitsos, A (EN)
Messinis, DE (EN)
journalArticle (EN)
2014-03-01T01:35:25Z
2011 (EN)
Background: Signalling pathways are the cornerstone on understanding cell function and predicting cell behavior. Recently, logical models of canonical pathways have been optimised with high-throughput phosphoproteomic data to construct cell-type specific pathways. However, less is known on how signalling pathways can be linked to a cellular response such as cell growth, death, cytokine secretion, or transcriptional activity.Results: In this work, we measure the signalling activity (phosphorylation levels) and phenotypic behavior (cytokine secretion) of normal and cancer hepatocytes treated with a combination of cytokines and inhibitors. Using the two datasets, we construct ""extended"" pathways that integrate intracellular activity with cellular responses using a hybrid logical/data-driven computational approach. Boolean logic is used whenever a priori knowledge is accessible (i.e., construction of canonical pathways), whereas a data-driven approach is used for linking cellular behavior to signalling activity via non-canonical edges. The extended pathway is subsequently optimised to fit signalling and behavioural data using an Integer Linear Programming formulation. As a result, we are able to construct maps of primary and transformed hepatocytes downstream of 7 receptors that are capable of explaining the secretion of 22 cytokines.Conclusions: We developed a method for constructing extended pathways that start at the receptor level and via a complex intracellular signalling pathway identify those mechanisms that drive cellular behaviour. Our results constitute a proof-of-principle for construction of ""extended pathways"" that are capable of linking pathway activity to diverse responses such as growth, death, differentiation, gene expression, or cytokine secretion. © 2011 Melas et al; licensee BioMed Central Ltd. (EN)
Mathematical & Computational Biology (EN)
Signalling Pathway (EN)
High Throughput (EN)
HEPATOCYTES (EN)
ACTIVATION (EN)
TRANSDUCTION (EN)
Integer Linear Program (EN)
TUMOR-CELLS (EN)
NETWORKS (EN)
CANCER (EN)
Differential Gene Expression (EN)
Proof of Principle (EN)
GROWTH-FACTOR RECEPTOR (EN)
HEPATOCELLULAR-CARCINOMA (EN)
a priori knowledge (EN)
Hybrid Logic (EN)
INFLAMMATION (EN)
Cell Growth (EN)
TYROSINE KINASE INHIBITOR (EN)
BMC Systems Biology (EN)
Αγγλική γλώσσα
BIOMED CENTRAL LTD (EN)
Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο
Ψηφιακό Αποθετήριο της Κεντρικής Βιβλιοθήκης του ΕΜΠ | Dspace@NTUA
Κεντρική Βιβλιοθήκη Ε.Μ.Π.
Ιδρυματικό Αποθετήριο
Δημοσιεύσεις μελών Δ.Ε.Π. σε περιοδικά



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.