1. Αρχική σελίδα
  2. Αναζήτηση

Μελέτη των μηχανισμών διατάραξης της ομαλής κυτταρικής λειτουργίας μέσω της ανακατασκευής γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων

Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου (ΕΚΤ)   

Αποθετήριο :
Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών  | ΕΚΤ ΕΑΔΔ   

δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*



Μελέτη των μηχανισμών διατάραξης της ομαλής κυτταρικής λειτουργίας μέσω της ανακατασκευής γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων
Μαραζιώτης, Ιωάννης
Maraziotis, Ioannis
PhD Thesis
2007
Basic goal of the dissertation was the reconstruction of gene regulatory networks (GRN) based on that we develop and implemented a euro fuzzy recurrent network (NFRN). NFRN was used to predict time series of microarray gene expression data. The prediction in NFRN is accomplished through fuzzy rules. Finally the reconstruction of GRN was accomplished through a number of rules common to a set of NFRN models. The results proved that the application of the overall scheme was in accordance with biological studies and outperformed other computational approaches. Additionally we developed algorithms for clustering (protein) graphs and gene expression data. Specifically, we implemented a clustering algorithm for weighted graphs towards the extraction of functional modules. The weighted graph was created by using gene expression and protein-protein interaction data. Finally, we constructed a novel semi-supervised fuzzy clustering algorithm applied to microarray gene expression data using information from gene ontology.
Βασικός στόχος της διατριβής απετέλεσε η ανακατασκευή ρυθμιστικών γονιδιακών δικτύων (ΑΡΓΔ). Στα πλαίσια αυτά αναπτύχθηκε και υλοποιήθηκε ασαφές αναδρομικό νευρωνικό δίκτυο (ΑΑΝΔ). Το ΑΑΝΔ χρησιμοποιήθηκε για πρόβλεψη χρονοσειράς γονιδιακής έκφρασης βάση δεδομένων μικροσυστοιχιών. Η πρόβλεψη στο ΑΑΝΔ γίνεται μέσω ασαφών κανόνων. Τελικά η ανακατασκευή ΡΓΔ πραγματοποιήθηκε μέσω κοινών κανόνων που λάβαμε από σύνολο υπολογιστικών μοντέλων ΑΑΝΔ. Τα αποτελέσματα εφαρμογής της συνολικής μεθόδου σε πραγματικά δεδομένα ήσαν σύμφωνα με βιολογικές μελέτες και καλύτερα από άλλες υπολογιστικές προσεγγίσεις. Συμπληρωματικά αναπτύχθηκαν αλγόριθμοι ομαδοποίησης γράφου (πρωτεϊνικού) και έκφρασης μικροσυστοιχιών. Συγκεκριμένα αναπτύχθηκε αλγόριθμος τμηματοποίησης ζυγισμένου γράφου προς εξαγωγή λειτουργικών υποδομών. Ο ζυγισμένος γράφος προήλθε από συνδυασμό δεδομένων γονιδιακής έκφρασης και πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων. Τέλος ασχοληθήκαμε με την δημιουργία ασαφούς αλγορίθμου ημι-επιβλεπόμενης ομαδοποίησης που εφαρμόστηκε σε γονιδιακή έκφραση μικροσυστοιχιών χρησιμοποιώντας πληροφορία γονιδιακής οντολογίας.
Φυσική
Φυσικές Επιστήμες
Graph clustering
Πρωτεϊνικά σύμπλοκα
Ρυθμιστικά γονιδιακά δίκτυα
Ασαφές αναδρομικά νευρωνικά δίκτυα
Gene regulatory networks
Λειτουργικές υποομάδες
Fuzzy semi - supervised clustering
Δεδομένα μικροσυστοιχιών
Recurrent fuzzy neural network
Φυσικές Επιστήμες
Protein complexes
Physical Sciences
Combining genomic data
Φυσική
Ημιεπιβλεπόμενη ομαδοποίηση με ασαφή λογική
Ομαδοποίηση γράφου
Natural Sciences
Functional modules
Συνδυασμός γενομικών δεδομένων
Ελληνική γλώσσα
Πανεπιστήμιο Πατρών
University of Patras
Πανεπιστήμιο Πατρών. Σχολή Θετικών Επιστημών
Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου (ΕΚΤ)
Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών
Συλλογή ΕΑΔΔ



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.