Δομικός και λειτουργικός χαρακτηρισμός ισοενζύμων της οικογένειας των τρανσφερασών της γλουταθειόνης

Structural and functional characterization of glutathione transferases isoenzymes

Δομικός και λειτουργικός χαρακτηρισμός ισοενζύμων της οικογένειας των τρανσφερασών της γλουταθειόνης

Skopelitou, Katholiki

Σκοπελίτου, Καθολική

PhD Thesis

2011

Glutathione transferases (GSTs) are enzymes that normally act as dimeric proteins and catalyze the conjugation of the tripeptide glutathione (GSH) with a number of electrophilic, lipophilic substances creating a water soluble product with reduced toxicity. The overall objective of the present thesis is the study the detoxification role of GSTs enzymes isolated from plants and bacteria. Concerning the bacterial GSTs isoenzymes the study was focused on the genome of Agrobacterium tumefaciens C58. A genome survey revealed the presence of eight GST like proteins in Agrobacterium tumefaciens C58 (AtuGSTs). The substrate specificity of the AtuGST family members was investigated in order to identify catalytic activities that may be related to their biological function. The results showed that AtuGSTs catalyze a broad range of reactions with different members of the family exhibiting quite varied substrate specificity. A GST like sequence from Agrobacterium tumefaciens C58 (AtuGST4) with low similarity to other characterized GST family of enzymes was identified. Phylogenetic analysis showed that it belongs to a distinct from previously described GST classes. Functional analysis showed that AtuGST4 exhibits significant transferase activities against the common substrates aryl halides as well as very high peroxidation activity towards organic hydroperoxides. The crystal structure of AtuGST4 has been determined at 1.4 Α resolution in complex with S (p-nitrobenzyl) glutathione (Nb GSH). Although AtuGST4 adopts the canonical GST fold we identified sequence and structural characteristics distinct from previously characterized GSTs. The wide catalytic function of this enzyme together with the restricted distribution of this class to soil bacteria may indicate a specific functional role for this enzyme in soil bacteria. Regarding the study of plant GST isoenzymes two GST genes from Glycine max were cloned and expressed in E. coli. The expressed proteins (GmGSTU2-2 and GmGSTU10-10) were efficiently purified (>98% purity) using GSH-agarose affinity chromatography adsorbents. Enzyme activities were measured for different substrates. A study for the inhibition of GST activity of GmGST2-2 and GwGST210-10 was also carried out using a large number of herbicides and insecticides. Another important goal of the present thesis was to develop a rapid and reliable method of screening of GST isoenzymes and mutant libraries. A rapid quantitative screening method for GSTs based on colorimetric measurement of halogen ions released from halogenated xenobiotics was developed. The assay is based on the color formation resulting from the reaction of Hg(SCN)₂ with the released halogen ion of the substrate in the presence of Fe³⁺. The color intensity is proportional to the extent of the catalytic reaction allowing a quantitative measurement of the GST catalytic activity. It was concluded that the proposed colorimetric assay is selective and sensitive and allows the screening of large numbers of samples within a few minutes. The ultimate goal is the application of this method in order to evaluate the biodegradative ability of GSTs to transform halogenated toxic enviionmental pollutants into non toxic products.

Οι τρανσφεράσες της γλουταθειόνης (GSTs) είναι ένζυμα που συνήθως δρουν ως διμερή και καταλύουν τη σύζευξη του τριπεπτιδίου γλουταθειόνη (GSΗ) με έναν αριθμό ηλεκτρονιόφιλων, λιπόφιλων ουσιών δημιουργώντας ένα υδατοδιαλυτό προϊόν μειωμένης τοξικότητας. Ο στόχος της παρούσας διδακτορικής διατριβής άφορα κυρίως στη μελέτη του αποτοξινωτικού ρόλου ενζύμων GSTs ο οποίος βασίζεται στην κατάλυση αντιδράσεων σύζευξης με τονικές ενώσεις και η ανάλυση της συμπεριφοράς φυτικών και βακτηριακών GSTs. Κατά την αρχική μελέτη βακτηριακών ισοενζύμων GSTs πραγματοποιήθηκε μελέτη του γονιδιώματος του βακτηριακού στελέχους Agrobacterium tumefaciens C58. Τα ισοένζυμα που απομονώθηκαν και κλωνοποιήθηκαν από το βακτηριακό στέλεχος Agrobacterium tumefaciens C58 εκφράστηκαν ετερόλογα σε κύτταρα E. coli BL21 (DE3). Η σύγκριση της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας των ενζύμων επέτρεψε τη φυλογενετική μελέτη τους και τον προσδιορισμό της εξελικτικής σχέσης τόσο μεταξύ τους όσο και με GSTs από άλλους οργανισμούς. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε μελέτη της ενζυμικής τους δραστικότητας έναντι μεγάλου εύρους υποστρωμάτων. Από το σύνολο των 8 ισοενζύμων που μελετήθηκαν επιλέχθηκε το ισοένζυμο AtuGST4 το οποίο παρουσίασε αξιοσημείωτα κινητικά χαρακτηριστικά προκειμένου να πραγματοποιηθεί περαιτέρω κινητική και δομική μελέτη του ενζύμου. Η τρισδιάστατη δομή του ένζυμου AtuGST4 προσδιορίσθηκε με κρυσταλλογραφία ακτινών-Χ σε σύμπλοκο με τον αναστολέα νιτροβενζυλ-γλουταθείο. Η κρυσταλλική δομή του AtuGST4 προσδιορίστηκε με ανάλυση σε 1.4 Α. Παρόλο που το ένζυμο AtuGST4 υιοθετεί την κανονική GST αναδίπλωση, αναγνωρίστηκαν ξεχωριστά χαρακτηριστικά στη δομή και την αλληλουχία της πρωτεΐνης που τη διαφοροποιούν από τις υπόλοιπες ήδη χαρακτηρισμένες GSTs. Η ευρεία καταλυτική λειτουργική ικανότητα του ενζύμου σε συνδυασμό με την περιορισμένη κατανομή ομολόγων GSTs σε βακτήρια εδάφους ίσως υπαγορεύουν έναν συγκεκριμένο λειτουργικό ρόλο για το ένζυμο AtuGST4 ανάμεσα στα βακτήρια που διαβιούν στο έδαφος. Όσον αναφορά τη μελέτη φυτικών ισοενζύμων GSTs, αυτή περιλαμβάνει δυο ένζυμα (GmGSTU2-2 και GmGSTU10-10) από σόγια (Glycine max) που ανήκουν στην οικογένεια τ (tau) των GSTs. Τα ένζυμα μελετήθηκαν σε κινητικό και μοριακό επίπεδο και προσδιορίστηκαν οι κινητικές τους σταθερές για διαφορετικά υποστρώματα τα βέλτιστα pH δράσης, η επίδραση του ιξώδους στις κινητικές σταθερές, η επίδραση της θερμοκρασίας στην ταχύτητα τα καταλυτικής αντίδρασης καθώς και το θερμοδυναμικό προφίλ των δυο ενζύμων. Ένας ακόμη σημαντικός στόχος της παρούσας διατριβής αφορά την ανάπτυξη μιας ταχείας και αξιόπιστης μεθόδου σάρωσης και ελέγχου μεγάλου αριθμού ισοενζύμων GSTs και μεταλλαγμένων μορφών προκειμένου να καθοριστεί ποιες από αυτές αποτελούν αποτελεσματικούς βιοκαταλύτες σε αντιδράσεις απαλογόνωσης. Η μέθοδος για τον προσδιορισμό της ενζυμικής δραστικότητας βασίστηκε στον σχηματισμό χρωμογόνου (460 nm) που προκύπτει από την αντίδραση ιόντων υδράργυρου με ελεύθερα ιόντα αλογόνων που προκύπτουν από την απαλογόνωση των υποστρωμάτων. Επιπροσθέτως, η ένταση του χρώματος δείχνει τον βαθμό την καταλυτικής δράσης των ενζύμων που μας επιτρέπει να επιλέξουμε όχι μόνο τους θετικούς κλώνους αλλά και εκείνους με την υψηλότερη καταλυτική ικανότητα. Η μέθοδος ανίχνευσης αλογονοιόντων που αναπτύχθηκε στην παρούσα διατριβή χρησιμοποιήθηκε για τη μελέτη του ενζύμου GmGSTU4-4 (από Glycine max) και τη σάρωση μεταλλαγμένων μορφών του ενζύμου που προέκυψαν από DNA shuffling ως προς διάφορα υποστρώματα και πιθανούς αναστολείς.

Γεωπονική Βιοτεχνολογία

Γεωπονικές Επιστήμες και Κτηνιατρική

1,2-dibromoethane

Agricultural and Veterinary Sciences

Γεωπονική Βιοτεχνολογία

Γεωπονικές Επιστήμες και Κτηνιατρική

1,2-διβρωμοαιθάνιο

Agricultural Biotechnology

Detoxification

Agrobacterium tumefaciens

Ενζυμική βιοαποικοδόμηση

Αποτοξίνωση

Glutathione transferase

Τρανσφεράσες γλουταθειόνης

Enzymatic bioremediation

Greek

Agricultural University of Athens

Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Τμήμα Γεωπονικής Βιοτεχνολογίας. Εργαστήριο Ενζυμικής Τεχνολογίας

National Documentation Centre (EKT)

National Archive of PhD Theses

Συλλογή ΕΑΔΔ