Αssessment of the clinical importance of the identification of bacterial DNA in blood or ascites in hospitalized patients with cirrhosis and a high suspicion of infection, by using real time polymerase chain reaction

Αξιολόγηση της κλινικής σημασίας της ανίχνευσης βακτηριακού DNA στο αίμα και στο ασκιτικό υγρό με τη χρήση πραγματικού χρόνου αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (Real time polymerase chain reaction -PCR) σε νοσηλευόμενους κιρρωτικούς ασθενείς με ισχυρή υποψία λοίμωξης

Αssessment of the clinical importance of the identification of bacterial DNA in blood or ascites in hospitalized patients with cirrhosis and a high suspicion of infection, by using real time polymerase chain reaction

Mani, Iliana

Μάνη, Ηλιάνα

PhD Thesis

2021

Background: Spontaneous bacterial peritonitis (SBP) is associated with high mortality-rate. The aim was to investigate if bacterial deoxyribonucleic-acid (bactDNA) could offer an accurate identification of pathogens and explore its prognostic role during and early after an SBP episode. Methods: Consecutive patients with SBP (SBP-group) and patients with decompensated cirrhosis without SBP/bacterascites (control-group) were enrolled. Standard culture methodology was used for isolation and identification of pathogens from blood and ascitic-fluid (AF). SeptiFast test (Roche-Diagnostics) was used to identify bactDNA directly from AF. Mortality was studied in the SBP-group. Results: Fifty-five patients [median age 60 (IQR 53-74), 69.1% male, MELD score 18 (13-29)] with SBP were prospectively included. AF-cultures were positive in 52.7% (17.2% drug-resistant bacteria) and bactDNA in 29.1% (58.2% combined sensitivity). BactDNA results were 84.6% concordant with AF-cultures. Three patients had positive bactDNA in culture-negative SBP-group. BactDNA was negative in all 36 of the control-group (100% specificity). No resistance-study was available by the bactDNA method. In Cox multivariate regression analysis for 7-day survival, factors adversely affecting outcome were MELD (P=0.049) and C-reactive-protein (P=0.012). After excluding cases that died during the first week post-admission, patients with positive bactDNA had a poor prognosis compared to those with negative (log rank P=0.005). Variables independently associated with 30-day-mortality were neutrophil-to-lymphocyte ratio (P=0.011) and positive bactDNA (P=0.020). Conclusion: No evidence was provided for the usefulness of bactDNA in order to improve bacterial identification during SBP-episode. However, bactDNA was a predictor of 30-day mortality in the subset of patients who recovered from the infection episode.

Εισαγωγή: Η αυτόματη βακτηριακή περιτονίτιδα (ΑΒΠ) συνοδεύεται από υψηλή θνητότητα. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η αξιολόγηση του βακτηριακού δεοξυριβονουκλεοτιδικού οξέος (bacterial deoxyribonucleic-acid, bactDNA) ως μέσου για την ακριβή ταυτοποίηση παθογόνων στην ΑΒΠ και επιπλέον η μελέτη της προγνωστικής του αξίας κατά τη διάρκεια και μετά από επεισόδιο ΑΒΠ. Μέθοδος: Στη μελέτη συμπεριελήφθησαν διαδοχικοί ασθενείς με ΑΒΠ (ομάδα ΑΒΠ) και ασθενείς με μη αντιρροπούμενη κίρρωση χωρίς ΑΒΠ (ομάδα ελέγχου). Κλασσικές καλλιεργητικές τεχνικές εφαρμόστηκαν για την απομόνωση και ταυτοποίηση παθογόνων από το αίμα και το ασκιτικό υγρό. Η μοριακή μέθοδος SeptiFast test (Roche-Diagnostics) εφαρμόστηκε για την ανίχνευση παθογόνων απευθείας στο ασκιτικό υγρό. Η θνητότητα μελετήθηκε στην ομάδα της ΑΒΠ. Αποτελέσματα: Πενήντα-πέντε ασθενείς [διάμεση ηλικία 60 (ενδοτεταρτημοριακό εύρος 53-74), 69.1% άνδρες, MELD score 18 (13-29)] με ΑΒΠ εντάχθηκαν προοπτικά. Οι καλλιέργειες του ασκιτικού υγρού ήταν θετικές στο 52.7% (17.2% ανθεκτικά παθογόνα) και το bactDNA στο 29.1% των ασθενών (συνδυασμένη ευαισθησία 58.2%). Η συμφωνία των 2 μεθόδων ήταν 84.6%. Τρεις ασθενείς με αρνητικές καλλιέργειες είχαν θετικό. Το bactDNA ήταν αρνητικό στο σύνολο των 36 ασθενών της ομάδας ελέγχου (100% ειδικότητα). Η μοριακή μέθοδος δεν παρείχε τη δυνατότητα ανίχνευσης ανθεκτικών στελεχών. Στην πολυπαραγοντική ανάλυση Cox για την επιβίωση στις 7 ημέρες, ως παράμετροι με ανεξάρτητη συσχέτιση με πτωχή πρόγνωση αναδείχθηκαν το MELD score (P=0.049) και η C-αντιδρώσα πρωτεΐνη (P=0.012). Μετά τον αποκλεισμό ασθενών που απεβίωσαν την πρώτη εβδομάδα μετά τη διάγνωση ΑΒΠ, ασθενείς με θετικό bactDNA στην εισαγωγή, είχαν δυσμενέστερη πρόγνωση σε σύγκριση με ασθενείς με αρνητικό (log rank P=0.005). Οι παράμετροι που συσχετίστηκαν ανεξάρτητα με τη θνητότητα 30-ημερών ήταν ο λόγος πολυμορφοπύρηνα / λεμφοκύτταρα αίματος (P=0.011) και το θετικό bactDNA (P=0.020). Συμπεράσματα: Τα αποτελέσματα δεν υποστηρίζουν την χρήση του bactDNA για την βελτίωση της ταυτοποίησης παθογόνων στην ΑΒΠ. Όμως, αποτελεί δείκτη θνητότητας 30 ημερών σε ασθενείς που επιβιώνουν του οξέος επεισοδίου.

Ιατρική και Επιστήμες Υγείας ➨ Κλινική Ιατρική ➨ Ηπατολογία

Bακτηριακό DNA

Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης

Spontaneous bacterial peritonitis

Medical and Health Sciences

Θνητότητα

Bacterial DNA

Polymerase chain reaction (PCR)

Mortality

Κίρρωση ήπατος

Κλινική Ιατρική

Αυτόματη βακτηριακή περιτονίτιδα

Ηπατολογία

Cirrhosis

Clinical Medicine

Hepatology

Ιατρική και Επιστήμες Υγείας

Greek

National and Kapodistrian University of Athens

Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ)

Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής. Κλινική Β' Παθολογική

National Documentation Centre (EKT)

National Archive of PhD Theses

Συλλογή ΕΑΔΔ