Investigation of the effects of SARS-CoV-2 ORF-9b accessory protein on A549 and Jurkat cells using a lentiviral transduction model

This item is provided by the institution :
Democritus University of Thrace   

Repository :
Repository of DUTH   

see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*



Διερεύνηση της επίδρασης της ORF-9b επικουρικής πρωτεΐνης του SARS-CoV-2 στις κυτταρικές σειρές A549 και Jurkat με τη χρήση λεντι-ιικών φορέων
Investigation of the effects of SARS-CoV-2 ORF-9b accessory protein on A549 and Jurkat cells using a lentiviral transduction model

Keramitsi, Elisavet
Κεραμιτσή, Ελισάβετ

Καρακασιλιώτης, Ιωάννης
Panopoulou, Maria
Chlichlia, Aikaterini
Πανοπούλου, Μαρία
Χλίχλια, Αικατερίνη
Karakasiliotis, Ioannis

masterThesis

2025-03-12T09:50:50Z
2025-03-11


The novel coronavirus SARS-CoV-2, member of the Coronaviridae family, is the etiological agent of the COVID-19 disease, that emerged in Wuhan, China, in December 2019. Within a few months, the infection progressed into a global pandemic, affecting more than 200 countries worldwide. The SARS-CoV-2 genome consists of a single-stranded positive-sense RNA, approximately 29.9 kb in size, which encodes for three protein categories: non-structural, structural and accessory proteins. While accessory proteins are not directly involved in viral replication and transcription, they play important roles in the interaction of the virus with host cells. Among them, ORF9b is a 97-amino acid polypeptide, encoded by an alternative open reading frame, located within the nucleocapsid (N) gene and translated via a leaky scanning mechanism. ORF9b interacts with the human mitochondrial outer membrane protein Tom70 and has been characterized as an IFN antagonist due to its ability to target the mitochondrial antiviral system (MAVS) protein, a critical adaptor for the RIG-I/MDA5-mediated antiviral signaling pathway, ultimately inhibiting IFN production. The present study aimed to the molecular cloning of ORF9b into a lentiviral transfer vector and the utilization of a second-generation lentiviral system for generating cell lines that would stably express ORF9b. These transduced cell lines were subsequently used to assess the effects of ORF9b on cell proliferation and immune responses. The experimental findings indicate that ORF9b expression impacts cell proliferation and cell cycle progression, by altering the transcriptional landscape of host cells and interfering with the G2/M transition. Future research should focus on elucidating the molecular mechanisms underlying these observations, to further clarify the role of ORF9b in modulating host cellular processes.
91 σ.
Βιβλιογραφία : σ. 85 - 91
Ο ιός SARS-CoV-2, μέλος της οικογένειας Coronaviridae, αποτελεί τον αιτιολογικό παράγοντα της ασθένειας COVID-19, που πρωτο-εμφανίστηκε στην πόλη Wuhan της Κίνας, τον Δεκέμβριο του 2019. Μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα, εξελίχθηκε σε πανδημία, επηρεάζοντας περισσότερες από 200 χώρες παγκοσμίως. Το γονιδίωμα του SARS-CoV-2 είναι μονόκλωνο, θετικής πολικότητας RNA, μήκους περίπου 29.9 kb, που κωδικοποιεί τρεις κατηγορίες πρωτεϊνών: τις μη-δομικές, τις δομικές και τις βοηθητικές πρωτεΐνες. Οι τελευταίες, παρότι δεν συμμετέχουν άμεσα στην αναπαραγωγή του ιού, διαδραματίζουν καίριους ρόλους στην αλληλεπίδρασή του με τα κύτταρα-ξενιστές. Μεταξύ αυτών, η πρωτεΐνη ORF9b αποτελεί ένα πολυπεπτίδιο 97 αμινοξέων, που κωδικοποιείται από ένα εναλλακτικό πλαίσιο ανάγνωσης, το οποίο εντοπίζεται εντός του γονίδιο της νουκλεοκαψιδικής πρωτεΐνης (Ν) και μεταφράζεται μέσω ενός μηχανισμού σάρωσης με διαρροή. Η ORF9b αλληλεπιδρά με την ανθρώπινη πρωτεΐνη της εξωτερικής μεμβράνης των μιτοχονδρίων Tom70 και έχει χαρακτηριστεί ως ανταγωνιστής ιντερφερονών (IFN) χάρη στην ικανότητά της να στοχεύει την πρωτεΐνη MAVS, έναν κρίσιμο παράγοντα της αντι-ιικής σηματοδότησης μέσω του μονοπατιού RIG-I/MDA5, αναστέλλοντας τελικά την παραγωγή IFN. Η παρούσα μελέτη είχε ως στόχο την μοριακή κλωνοποίηση της ORF9b πρωτεΐνης σε έναν λεντι-ιικό φορέα και την αξιοποίηση ενός λεντι-ιικού συστήματος δεύτερης γενιάς για την παραγωγή κυτταρικών σειρών με σταθερή έκφραση της ORF9b, οι οποίες, στη συνέχεια, χρησιμοποιήθηκαν για την μελέτη των επιδράσεων της ORF9b στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό και τις ανοσολογικές αποκρίσεις. Τα πειραματικά ευρήματα υποδεικνύουν ότι η έκφραση της ORF9b επιδρά στον πολλαπλασιασμό και στην πρόοδο του κυτταρικού κύκλου, μεταβάλλοντας το μεταγραφικό προφίλ των κυττάρων και παρεμβαίνοντας στη μετάβαση G2/M του κυτταρικού κύκλου. Μελλοντικές έρευνες θα επικεντρωθούν στη διαλεύκανση των μοριακών μηχανισμών που σχετίζονται με αυτές τις παρατηρήσεις, ώστε να διευκρινιστεί περαιτέρω ο ρόλος της ORF9b στη ρύθμιση των κυτταρικών διεργασιών του ξενιστή.


ORF-9b επικουρική πρωτεΐνης
ORF-9b accessory protein
Lentiviral transduction
Molecular cloning
Λεντι-ιική μεταγωγή
Μοριακή κλωνοποίηση

English

duth
Τμήμα Ιατρικής
Τμήμα Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής


embargo-3
Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/




*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)