Part1:Cloning method and phylogenetic analysis of the alcohol dehydrogenasegene in Diptera. Part2:Softeware,for the physical genome mapping project of the Drosophila melanogaster
Θέμα1:Μέθοδος κλωνοποίησης και φυλλογεωετική ανάλυση του γονιδίου της αλκοολικής αγυδρογονάσης στα Δίπτερα. Θέμα2:Λογισμικό,για το πρόγραμμα φυσικής χαρτογράφησης του γενώματος της Drosophila melanogaster
Part1:Cloning method and phylogenetic analysis of the alcohol dehydrogenasegene in Diptera. Part2:Softeware,for the physical genome mapping project of the Drosophila melanogaster
Θέμα1:Η κλωνοποίηση του γονιδίου της αλκοολικής αφυδρογόνασης σε έντομο άλλης των Δροσοφιλιδών(C.capitata Τεφριτίδες) αποκάλυψε έναν ασυνήθιστα ταχύ ρυθμό εξέλιξης αυτού. Αυτό αποτέλεσε τη βάση της περαιτέρω φυλογενετικής ανάλυσης που επιχειρείται στην παρούσα διατριβή.Επί πλέον,ο παρατηρηθής γρήγορος ρυ- θμός εξέλιξης,δημιούργησε την ανάγκη ανάπτυξης εναλλακτικής μεθόδου κλωνοποί- ησης, καθώς το γονίδιο αυτό αποτελεί έναν επικραή μάρτυρα,χρήσιμο για τυχόν μεταγενέστερα πειράματα ματασχηματισμού εντόμων. Στην διατριβή ταυτή παρουσιά- ζεται μια τέτοια (εναλλακτική) μέθοδος, κλωνοποίησης βασιζόμενη στη λειτουργία υποκατάστασης των γονιδίων σε ματαλλαγμένο στέλεχος ζύμης (S. cerevisime) Θέμα 2: Το υποπρόγραμμα χαρτογράφησης του γενώματος της D. melanogaster αποσκοπή στην εύρεση και πιστοποίηση αλληλεπικαλύψεων μεταξύ κλώνων γενωμικής βιβλιοθήκης. Η ανάλυση/επεξεργασία των δεδομένων των αποτυπωμάτων των κλώνων αυτών γίνεται ανεξάρτητα για κάθε χρωμοσωματική υποπεριοχή του γενώματος (με βάση τη μορφολογία των πολυταινικών χρωμοσωμάτων). Τα δεδομένα των κλώνων της κάθε υποπεριοχής φυλάσσονται σε ξεχωριστές βάσεις δεδομένων (Β.Δ.). Η εργασία που περιγράφεται στην παρούσα διατριβή αφορά στο σχεδιασμό νέας ΒΔ, η οποια περιέχει τα δεδομένα των επι μέρους. Αυτό κρίθηκε απαραίτητο για το προγραμμα χαρτογράφησης, καθώς παρουσιάστηκε ανάγκη σύγκρισης κλώνων, οι οποίοι περιέχονται σε διαφορετικές ΒΔ. Επίσης, στην παρούσα διατριβή, περιγράφεται το λογισμικό που δημιουργεί /διαχειρίζεται την "ενοποιημένη" αυτή ΒΔ, καθώς και έτερο βοηθητικό (περικοπή περίληψης).
(EL)
Part I: Cloning of two alcohol dehytrogenate genes from an insect of the Tephritidae family (C. capatarta, revealed an unexpectedly fast evolutionary rate between the two families (Drocophilidate & Terhritidae). This was the basis for the work of this thesis. Morover due to thiw quick rate, an alternative closing technique has to be developed, for the cloning technique has to be developed, for the cloning of the feue in other (most distant) families since alcohol dehydrogenare gene is a useful dominant marker in putafive insect transformation experiments. In current thesis, one such alternative cloning technique is presented based on the functional cauplementation of a mutant yeast strain; and a primary phylogenetic analysics of the gene in between the two families is preformed. Part II: The D. melanogaster geneuse mapping project aims to find overlaps between clones of a genausic librar. Data analysis of the fingerprints of theseclones is done independenthy for every chromosoual division (according to the morphology of polyteue chomosomes). The data of the clones from each division are kept in independent data beses (DB). The work described in curent thesis counsists of the development of a new DB, which contains the data of all divicional ones. This became necessary when appeared the need of camparison of clones from defferent divisional DB. Morover, current thesis contains the software developed for this "unified" DB, as well as additional software came to cover miscellaneaus need of the mapping project
(EN)
University of Crete
