Σε αυτή τη μελέτη διερευνήθηκε η συγγένεια ορισμένων βιβλιοθηκών μικρομορίων για τον τομέα
SRA της επιγενετικής πρωτεΐνης UHRF-1. Αυτή η πρωτεΐνη εμπλέκεται σε μια σειρά από
επιγενετικές διεργασίες στο σώμα, η πιο σημαντική από τις οποίες είναι η διατήρηση της
μεθυλίωσης του DNA, η οποία έχει ως αποτέλεσμα τη σίγαση αρκετών ογκοκατασταλτικών
γονιδίων. Συμβάλλει στην ενίσχυση του πολλαπλασιασμού κυττάρων και την καταστολή της
απόπτωσης στα καρκινικά κύτταρα, χάρη στο γεγονός ότι υπερεκφράζεται σε πολλές μορφές
καρκίνου. Ως αποτέλεσμα, έχουν αναπτυχθεί μοριακά εστιασμένες αντικαρκινικές θεραπείες, όπως
η χρήση μικροσκοπικών ενώσεων ανταγωνιστών που εμποδίζουν τη λειτουργία του UHRF-1.
Σκοπός της συγκεκριμένης εργασίας είναι η εύρεση μικρών μορίων, ικανών να συνδέονται με την
αυτοτελή δομική περιοχή SRA που ανήκει στην UHRF1 πρωτεΐνη, δρώντας έτσι ανταγωνιστικά
ως προς το φυσικό της υπόστρωμα που είναι η 5-μεθυλοκυτοσίνη, με αποτέλεσμα την
παρεμπόδιση του τρόπου λειτουργίας της UHRF1 και κατ' επέκταση την αναστολή της
μεθυλίωσης του DNA.
Για να γίνει αυτό πραγματοποιήθηκε υπολογιστική αξιολόγηση συλλογών μικρομορίων από
τέσσερις διαφορετικές βιβλιοθήκες για την ανακάλυψη αναστολέων της πρωτεΐνης επιγενετικού
ελέγχου UHRF1. Οι συλλογές που μελετήθηκαν μέσω του λογισμικού, έδειξαν ότι οι
προτιμότερες ενώσεις όσων αφορά τη διευθέτηση στο χώρο είναι αυτές που κατείχαν στις
πλευρικές τους αλυσίδες υδρόφιλες ομάδες, χάρις τις οποίες σχημάτιζαν δεσμούς υδρογόνου.
Επίσης, πραγματοποιήθηκε η μέθοδος της διαφορικής φθορισμομετρίας σάρωσης (DSF) έτσι
ώστε να ελεγχθεί και πειραματικά αν υπάρχει τελικά αλληλεπίδραση των μικρομορίων με την υπό
εξέταση πρωτεΐνη UHRF1. Μετά από πολλές δοκιμές του μορίου NSC232005 με τη μέθοδο DSF,
φάνηκε πώς το μόριο αυτό συνδέεται αποτελεσματικά και μπορεί να αποσταθεροποιήσει την
περιοχή SRA της UHRF-1.
(EL)
In this study, the affinity of some small molecule libraries for the SRA domain of the UHRF-1
epigenetic protein was investigated. This protein is involved in a number of epigenetic processes in
the body, the most important of which is the maintenance of DNA methylation, which results in the
silencing of several tumor suppressor genes. Contributing to the enhancement of cell proliferation
and the suppression of apoptosis in cancer cells, thanks to the fact that it is overexpressed in many
forms of cancer. As a result, molecularly focused anti-cancer therapies have been developed, such
as the use of microscopic antagonist compounds that inhibit the function of UHRF-1.
The aim of this study is to find small molecules, capable of binding to the independent structural
domain SRA belonging to the UHRF1 protein, thus acting competitively with its natural substrate
which is 5-methylcytosine, thus inhibiting the mode of operation of UHRF1 and consequently the
inhibition of DNA methylation.
To this aspect, a computational evaluation of four different small molecule collections was
performed to detect inhibitors of the UHRF1 epigenetic control protein. The collections studied
using Glide software, showed that the most preferred compounds in terms of arrangement in space
are those that had in their side chains hydrophilic groups, thanks to which they formed hydrogen
bonds.
Also, the differential scanning fluorescence (DSF) method was performed in order to test
experimentally whether there is a final interaction of the molecules with the test protein UHRF1.
After several tests of the NSC232005 molecule by the DSF method, it was shown how this
molecule binds effectively and can destabilize the SRA region of UHRF-1.
(EN)
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa
