Οι μύκητες αποτελούν ένα από τα πέντε Βασίλεια των έμβιων όντων και διακρίνονται σε
μονοκύτταρους ή πολυκύτταρους ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Παρουσιάζουν τεράστια
ποικιλομορφία και μπορούν να εντοπιστούν στο έδαφος ή σε ζωντανούς οργανισμούς όπως φυτά,
ζώα ή και άλλους μύκητες. Τρέφονται με οργανικά συστατικά ζωντανών ή νεκρών οργανισμών. Η
μεγάλη βιοποικιλότητα τους, οδήγησε στην κατηγοριοποίηση τους με βάση τον τρόπο ζωής τους.
Έτσι έχουμε τις ζύμες που είναι χρήσιμοι για τον άνθρωπο, τους παθογόνους και επιζήμιους
μύκητες έως και τα εδώδιμα μανιτάρια.
Το γενετικό υλικό των μυκήτων βρίσκεται στον πυρήνα και στα μιτοχόνδρια του. Τα μιτοχόνδρια
αποτελούν ημιαυτόνομα οργανίδια με δικό τους γενετικό υλικό και δική τους πρωτεϊνοσυνθετική
μηχανή. Τα μιτοχονδριακά γονιδιώματα (mtDNAs) φέρουν γονίδια που σχετίζονται με την
διαδικασία της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης που οδηγεί στην παραγωγή ενέργειας καθώς και
γονίδια rRNAκαι tRNA, στα οποία πραγματοποιείται κανονικά η διαδικασία της μεταγραφής και
της μετάφρασης.Πιο συγκεκριμένα, οι μιτοχονδριακές αλληλουχίες είναι αρκετά συντηρημένες
στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Γι΄αυτό το λόγο, θεωρούνται χρήσιμες για να δώσουν
πληροφορίες σχετικά με τις εξελικτικές σχέσεις μεταξύ των ειδών, ακόμη και στην τυποποίηση
ενός οργανισμού, σε επίπεδο είδους ή και στελέχους.
Στην παρούσα εργασία, χρησιμοποιήθηκαν αρκετά δείγματα του γένους Tuber που ανήκει στην
οικογένεια Tuberaceae και περιλαμβάνει πολλά είδη τρούφας. Ο βασικός στόχος ήταν η μελέτη
της γενετικής ποικιλομορφίας μεταξύ των ειδών σε παγκόσμιο επίπεδο, με τη χρήση έτοιμων
πυρηνικών δεικτών, όπως η ριβοσωμική ITS1-5.8S-ITS2 περιοχή. Συγκεκριμένα, χρησιμοποιήθηκαν
265 είδη, εκ των οποίων τα 70 συλλέχθηκαν από την Ελλάδα. Δόθηκε όμως σημασία και στον
εντοπισμό των mtDNAs από τις κατάλληλες βάσεις δεδομένων, με σκοπό την αλληλούχηση των
γονιδιωμάτων των μυκήτων ενδιαφέροντος. Στη συνέχεια, σχεδιάστηκαν οι κατάλληλοι εκκινητές
μέσω της insilico ανάλυσης, που θα μπορούσαν να διαχωρίσουν τα είδη των μυκήτων,
πειραματικά. Τα ζεύγη των εκκινητών ήταν τα atp8-cox2, trnA-trnF και trnS-atp6. Η
αποτελεσματικότητα των μιτοχονδριακών δεικτών φάνηκε έπειτα από τις μοριακές τεχνικές,
αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) και της ηλεκτροφόρησης. Ακολούθησαν αντίστοιχα
φυλογενετικές αναλύσεις για να επισημανθούν οι εξελικτικές σχέσεις των ειδών, σύμφωνα και με
τα μιτοχονδριακά γονιδιώματα τους. Φάνηκε λοιπόν, πως διαχωρίζονται τα είδη και με τους
μιτοχονδριακούς εκκινητές, όπως και με τους πυρηνικούς, οπότε θεωρείται επιτυχής η κατασκευή
τους.
(EL)
Fungi are one of the five Kingdoms of living things and are divided into unicellular or multicellular
eukaryotic organisms. They show enormous diversity and can be found in the soil or even on plants.
They feed on organic components of living or dead organisms. Their great biodiversity led to their
categorization. So we have the yeasts that are useful for humans, the pathogenic and harmful fungi
and even the edible mushrooms. Fungal mitochondria are semi-autonomous organelles with their
own genetic material.
Mitochondrial genomes (mtDNAs) carry genes related to the process of oxidative
phosphorylation that leads to energy production as well as rRNA and tRNA genes, in which the
process of transcription and translation normally takes place. More specifically, mitochondrial
sequences are quite conserved in eukaryotic organisms. For this reason, they are considered useful
to provide information about the evolutionary relationships between species, even in the
standardization of an organism, at the level of species or even strain.
In the present work, several specimens of the genus Tuber, which belongs to the family
Tuberaceae and includes several species of truffles, were used. The main objective was to study the
genetic diversity among species at a global level, using ready-made nuclear markers, such as the
ribosomal ITS1-5.8S-ITS2 region. Specifically, 265 species were used, of which 70 were collected
from Greece. However, importance was also given to the identification of mtDNAs from the
appropriate databases, in order to sequence the genomes of the fungi of interest. Then, suitable
primers were designed through in silico analysis, which could separate the fungal species,
experimentally. Primer pairs were atp8-cox2, trnA-trnF and trnS-atp6. The effectiveness of
mitochondrial markers was shown by molecular techniques, polymerase chain reaction (PCR) and
electrophoresis. Phylogenetic analyzes followed to highlight the evolutionary relationships of the
species, according to their mitochondrial genomes. It was therefore seen that the species are
separated with the mitochondrial primers as well as with the nuclear primers, so their construction
is considered successful.
(EN)
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa
