1. Home page
  2. Search

Εντοπισμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σε μικροβιακές αλληλουχίες, μέσω της ανάλυσης συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων

This item is provided by the institution :
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa   

Repository :
Pergamos Digital Library   

see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*



Εντοπισμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σε μικροβιακές αλληλουχίες, μέσω της ανάλυσης συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων
Ντάνος Βασίλειος (EL)
born_digital_thesis
Διδακτορική Διατριβή (EL)
Doctoral Dissertation (EN)
2016
Στη συγκεκριμένη έρευνα έγινε προσπάθεια να επιτευχθούν τρεις στόχοι: η ανάπτυξη αλγοριθμικής μεθοδολογίας για τον εντοπισμό πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, μέσω γεγονότων συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η υλοποίηση φιλικής προς τον ερευνητή εφαρμογής για την αυτοματοποίηση αυτής της διαδικασίας και τέλος, η ανάλυση των πρωτεωμάτων 24 βακτηρίων με σκοπό τη μελέτη γεγονότων συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων σε αυτά. Η μέθοδος που κατασκευάστηκε είχε σαν αποτέλεσμα των εντοπισμό 175 αρχικά γεγονότων συγχώνευσης στα 24 βακτηριακά πρωτεώματα, από τα οποία τα 104 (59%) επιβεβαιώθηκαν ως αληθώς θετικά στη βάση δεδομένων STRING. Η ακρίβεια της μεθόδου έγινε ακόμα μεγαλύτερη, φτάνοντας το ποσοστό επιτυχημένων προβλέψεων στο 70%, όταν από τα αποτελέσματα αφαιρέθηκαν οι δομικές ενότητες που τείνουν να αλληλεπιδρούν με μεγάλο αριθμό άλλων δομικών ενοτήτων στα κύτταρα (promiscuous domains). Η διατριβή αυτή προτείνει μια αυτοματοποιημένη μέθοδο εντοπισμού γεγονότων συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η οποία μπορεί να εφαρμοστεί σε οποιοδήποτε πρωτέωμα, είτε Αρχαίων είτε Βακτηρίων είτε φυσικά και Ευκαρυωτών αν και η οριστική επιβεβαίωση πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων γίνεται πάντοτε πειραματικά. (EL)
This research attempted to achieve three objectives: firstly, the development of an algorithmic methodology for the identification of protein-protein interactions by use of proteomic sequences, secondly, the implementation of a user-friendly application (program) to automate this process and finally, the analysis of the proteomic sequences of 24 bacteria in order to detect and study potential fusion events of protein domains. The method that was constructed resulted in the identification of 175 initial interacting protein pairs (potential fusion events) at 24 bacterial proteomes, of which 104 (59 %) were confirmed as true positives, based on the STRING database. The accuracy of the method was even greater, reaching the percentage of successful predictions up to 70 % when promiscuous domains (such as AAA domains) were filtered out of the predictions. This study suggests an automated method for the identification of fusion events in proteomic sequences, which can be applied to any proteome of Archaea or Bacteria or Eukarya, although definite confirmation of protein-protein interactions demands experimental procedures. (EN)
Greek
Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Βιολογίας » Τομέας Βοτανικής
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
University of Athens
Pergamos Digital Library
Doctoral Dissertation



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)