Εφαρμογή βιοχημικών και ανοσοχημικών τεχνικών για τη μελέτη πρωτεϊνών που εμπλέκονται σε κυτταρικούς μηχανισμούς σηματοδότησης (υποδοχέας ρυανοδίνης τύπου 2, καλμοδουλίνη)

This item is provided by the institution :
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa   

Repository :
Pergamos Digital Library   

see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*



Εφαρμογή βιοχημικών και ανοσοχημικών τεχνικών για τη μελέτη πρωτεϊνών που εμπλέκονται σε κυτταρικούς μηχανισμούς σηματοδότησης (υποδοχέας ρυανοδίνης τύπου 2, καλμοδουλίνη)

Βασιλακοπούλου Βυρωνία (EL)

born_digital_thesis
Διδακτορική Διατριβή (EL)
Doctoral Dissertation (EN)

2016


Η καλμοδουλίνη (CaM) αποτελεί σημαντικό ρυθμιστή (αναστολέα) του καρδιακού υποδοχέα ρυανοδίνης τύπου-2 (RyR2) που δρα ως δίαυλος απελευθέρωσης Ca2+ από το ΣΔ, διαδραματίζοντας κύριο ρόλο στον μηχανισμό της σύζευξης διέγερσης-συστολής. Παρόλο που ο μηχανισμός αλληλεπίδρασης CaM/RyR2 δεν είναι πλήρως γνωστός, είναι κοινώς αποδεκτό ότι η κύρια περιοχή πρόσδεσης της CaM στον RyR2 αντιστοιχεί στην αμινοξική αλληλουχία 3583-3603, ενώ σειρά δεδομένων υποδεικνύει τη συμμετοχή και άλλων περιοχών του RyR2 στην πρόσδεση της CaM. Από την άλλη πλευρά, μεταλλαγμένες μορφές της CaM, με πιθανόν πλημμελή ικανότητα ρύθμισης του RyR2, εντοπίστηκαν πρόσφατα σε ασθενείς με καρδιακή δυσλειτουργία. Σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν αφενός η μελέτη του μηχανισμού αλληλεπίδρασης της αγρίου τύπου CaM (CaMWT) με τον RyR2 και αφετέρου η μελέτη της αλληλεπίδρασης μεταλλαγμένων μορφών της CaM με τον RyR2. Για τη μελέτη της αλληλεπίδρασης CaMWT/RyR2 έγινε σύνθεση οκτώ πεπτιδικών τμημάτων του RyR2 καθώς και παραγώγων τους. Τα πεπτίδια αξιοποιήθηκαν κυρίως στη μελέτη πιθανής αλληλεπίδρασης με την CaMWT, με πειράματα συγκατακρήμνισης, τύπου ELISA και θερμιδομετρίας ισόθερμης τιτλοδότησης. Ορισμένα RyR2-πεπτίδια αξιοποιήθηκαν επίσης ως αντιγόνα για την ανάπτυξη πολυκλωνικών αντισωμάτων, ενώ αναπτύχθηκαν και αντι-πεπτιδικά αντισώματα ικανά να αναγνωρίζουν την CaMWT, που χρησιμοποιήθηκαν στα πειράματα τύπου ELISA. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα, τo C-τελικό άκρο του RyR2 είναι πιθανόν να περιέχει μία επιπλέον περιοχή πρόσδεσης της CaMWT(4255-4277). Για τη μελέτη της αλληλεπίδρασης μεταλλαγμένων μορφών της CaM με τον RyR2 έγινε παραγωγή έξι μεταλλαγμένων μορφών της CaM καθώς και παρασκευή βαρέων κυστιδίων- φορέων ΣΔ από καρδιές χοίρων (ως πηγής RyR2). Στη συνέχεια, μελετήθηκε, σε σχέση με την CaMWT, τόσο η επίδραση των μεταλλαγμένων μορφών της CaM στη λειτουργικότητα του RyR2, με πειράματα πρόσδεσης [3Η]ρυανοδίνης στον RyR2, όσο και η ικανότητα πρόσδεσής τους στον RyR2, με πειράματα συγκατακρήμνισης. Όπως προέκυψε, συγκεκριμένες μεταλλάξεις της CaM (N54I, F90L, D96V, D130G) επηρεάζουν την ικανότητα πρόσδεσης στον RyR2 και, ταυτόχρονα, τη λειτουργικότητα του υποδοχέα. Περαιτέρω αξιοποίηση των μοριακών εργαλείων και των τεχνικών, που αναπτύχθηκαν στην παρούσα διατριβή, θα βοηθήσει στην καλύτερη κατανόηση των μηχανισμών που διέπουν την καρδιακή λειτουργία. (EL)
Calmodulin (CaM) is an important regulator (inhibitor) of the cardiac ryanodine receptor type-2 (RyR2) function as a calcium release channel of SR, playing a pivotal role in excitation-contraction coupling. Although the mechanism of CaM/RyR2 interaction is not fully understood, it is widely accepted that the main CaM binding domain is located within residues 3583–3603 of RyR2, while a series of data suggest that additional regions in RyR2 can act as potential CaM binding domains. On the other hand, anumber of CaM mutants, with possibly impaired RyR2-regulatory capacity, have been recently characterized in patients with heart dysfunction. The goal of the present thesis was to study the mechanism of the interaction between wild type CaM (CaMWT) and RyR2 as well as to study the interaction between certain CaM mutants and RyR2. In order to study the CaMWT/RyR2 interaction, eight peptide fragments of RyR2 and derivatives thereof were synthesized. Potential binding of the above synthetic peptides to CaMWT was studied by means of pull-down, ELISA-type and isothermal titration calorimetry experiments. Moreover, some of the RyR2-peptides were used as antigens for the development of polyclonal antibodies, while anti-peptide polyclonal antibodies for full-length CaMWT were also developed and used in the ELISA-type experiments. According to the results obtained, the C-terminus of RyR2 seems to contain an additional CaMWT binding domain (4255-4277). For studying the interaction between CaM mutants and RyR2, six CaM mutants were produced and heavy SR vehicles from pig hearts (as a source of RyR2) were prepared. Consequently, the effect of the CaM mutants on the RyR2 activity was tested, in comparison with CaMWT, with the [3H]ryanodine binding assay, while binding of the CaM mutants to RyR2 was also evaluated, in comparison with CaMWT too, with pull-down experiments. As revealed by the results obtained, specific CaM mutations (N54I, F90L, D96V, D130G) affect both, binding capacity to RyR2 and the channel activity. Further exploitation of the molecular tools and the techniques developed in the framework of this thesis will help us better understand and elucidate the mechanisms underlying cardiac function. (EN)


Greek

Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Χημείας » Τομέας ΙΙ [Οργανική Χημεία – Οργανική Χημική Τεχνολογία – Χημεία Τροφίμων]
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/




*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)