1. Home page
  2. Search

In Silico Ανίχνευση Νέων Γονιδίων Φωλέας στο Ανθρώπινο Γονιδίωμα

This item is provided by the institution :
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa   

Repository :
Pergamos Digital Library   

see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*



In Silico Ανίχνευση Νέων Γονιδίων Φωλέας στο Ανθρώπινο Γονιδίωμα
Γεωργίου Αθανάσιος (EL)
Georgiou Athanasios (EN)
born_digital_postgraduate_thesis
Διπλωματική Εργασία (EL)
Postgraduate Thesis (EN)
2022
Η παρούσα μεταπτυχιακή (ΜΔΕ) διπλωματική εργασία έχει ως στόχο την αναζήτηση γονιδίων φωλέας (nested genes), σε μορφή ORF, στα ιντρόνια/εσώνια (introns) του συνόλου του ανθρώπινου γονιδιώματος. Ειδικά για τη μελέτη αυτή, γράφτηκε πρόγραμμα με την χρήση των γλωσσών προγραμματισμού Python και Perl για τη διασύνδεση των γνωστών εφαρμογών ORFfinder και BLAST+ του NCBI, με τη βάση γονιδιωματικών δεδομένων Ensembl. Το πρόγραμμα δημιουργήθηκε έτσι ώστε να είναι συμβατό με λειτουργικά Linux Server συστήματα, όπου εγκαθίσταται και εκτελείται. Η σκοπιά με την οποία εξετάζεται το θέμα της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι αυτή της Γονιδιωματικής Βιοπληροφορικής, κατά την οποία οι μέθοδοι της επιστήμης της Πληροφορικής και της Γονιδιωματικής συνεισφέρουν στην αποδοτική ανάλυση πολύ μεγάλου όγκου δεδομένων, που θα ήταν πραγματικά δύσκολο, υπερβολικά χρονοβόρο και σε πολλές περιπτώσεις επισφαλές να αναλυθούν με ανθρώπινες πρωτοβουλίες και ενέργειες. (EL)
Main objective of the present MSc Thesis is the Identification of nested genes in ORF format in the introns of the whole human genome. For this study in particular, a program was created based on Python and Pearl programming languages, in order to connect the applications ORFfinder and BLAST+ of NCBI, along with the Ensembl genomic database. The program was written in such a way that allows its compatibility with Linux Server operating systems, where it can be installed and executed. The subject of the current thesis is examined under the perspective of Genomic Bioinformatics. According to the latter, Informatics, as well as Genomic scientific methods are combined to efficiently analyze a greatly large amount of data. Without the contribution of Bioinformatics, all the data mentioned herein would be extremely difficult, time-consuming and in many cases, even precarious, to get them analyzes by human initiatives or actions. (EN)
Θετικές Επιστήμες
Θετικές Επιστήμες (EL)
Science (EN)
Greek
Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Βιολογίας » ΠΜΣ Βιοπληροφορική » Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
University of Athens
Pergamos Digital Library
Postgraduate Thesis



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)