Ο Συστηματικός Ερυθηματώδης Λύκος (ΣΕΛ) είναι η πρότυπη συστηματική αυτοάνοση νόσος, με ήπια ή σοβαρά συμπτώματα σε πολλαπλά όργανα, η οποία επηρεάζει κυρίως νεαρές γυναίκες σε αναπαραγωγική ηλικία. Ο ΣΕΛ παρουσιάζει εναλλασσόμενες περιόδους ύφεσης και έξαρσης των συμπτωμάτων. Η ασθένεια χαρακτηρίζεται από την απώλεια ανοσιακής ανοχής έναντι των εαυτών αντιγόνων, την παθολογική ενεργοποίηση των Τ- και Β- κυττάρων και την παραγωγή αυτο-αντισωμάτων.
Είναι συχνή η συνύπαρξη του ΣΕΛ με το αντιφωσφολιπιδικό σύνδρομο (ΑΦΣ), επίσης συστηματικό αυτοάνοσο νόσημα, που παρουσιάζει αυξημένη συχνότητα σε γυναίκες. Το ΑΦΣ χαρακτηρίζεται από την παρουσία αντιφωσφολιπιδικών αντισωμάτων (aPLs), υποτροπιάζουζες θρομβώσεις σε όλα τα είδη των αγγείων ή/και επιπλοκές της εγκυμοσύνης, πνευμονικές εμβολές ή νευρολογικές διαταραχές. Τα aPLs στρέφονται κατά των πρωτεϊνών που δεσμεύουν φωσφολιπίδια ή των συμπλόκων τους.
Η ρύθμιση της έκφρασης στο επίπεδο του μεταγραφώματος μπορεί να επηρεάσει σημαντικά την ποσότητα των παραγόμενων πρωτεϊνών και τον φαινότυπο ενός ατόμου. Σε αυτό το επίπεδο, έρευνες έχουν αναδείξει αλληλεπιδράσεις μεταξύ μεταγράφων οι οποίες συμβάλλουν στη ρύθμιση της έκφρασης. Οι τεχνολογίες αλληλούχισης νέας γενιάς (Next Generation Sequencing – NGS) έχουν επιτρέψει τη μαζική αλληλούχιση μεταγράφων και το μοριακό χαρακτηρισμό πολλών ασθενειών.
Η εύρεση του μεταγραφωμικού προφίλ στο ΣΕΛ έχει καθορίσει τη συμμετοχή πολλών ανοσολογικών και μοριακών μονοπατιών και βιοδεικτών συμπεριλαμβανομένων των μονοπατιών της ιντερφερόνης α (IFN α) και της αυτοφαγίας. Παρά τον αυξανόμενο αριθμό μελετών στον ΣΕΛ και στο ΑΦΣ, έχει ιδιαίτερη αξία η περαιτέρω ανάλυση του μεταγραφώματος των ασθενών με συννοσηρότητα ΣΕΛ και ΑΦΣ και η μελέτη των επιδράσεων της ύπαρξης aPLs στη γονιδιακή έκφραση.
Για το σκοπό αυτό θα χρησιμοποιηθούν δεδομένα αλληλούχισης RNA από δείγματα ολικού αίματος, σε συνδυασμό με in silico μεθόδους για i)τον εντοπισμό πιθανών αλληλεπιδράσεων και διαφορών της γονιδιακής έκφρασης ανάμεσα σε διαφορετικές ομάδες ασθενών και υγειών ατόμων (π.χ. ασθενείς με ΣΕΛ και ΑΦΣ έναντι υγειών, ασθενείς με ΣΕΛ και aPL αντισώματα έναντι ασθενών με ΣΕΛ χωρίς aPL αντισώματα κ.λπ), ii)την μοριακή κατηγοριοποίηση και iii)την εύρεση πιθανών μοριακών βιοδεικτών για την πρόβλεψη ή την εξέλιξη του ΑΦΣ σε ασθενείς με ΣΕΛ.
(EL)
Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is a multisystem autoimmune disease, accompanied by mild to severe symptoms in multiple organs, which mainly affects young women of reproductive age. SLE has alternating periods of remission and flares. The disease is characterized by loss of immune tolerance against self-antigens, the pathological activation of T- and B-cells and the production of autoantibodies.
A typical SLE comorbidity is the antiphospholipid syndrome (APS), another systemic autoimmune disease, which occurs in women with an increased frequency. APS is characterized by the presence of antiphospholipid antibodies (aPLs), recurrent thrombosis in any vascular bed and/or pregnancy morbidity, pulmonary infarction or neurological disorders. aPLs target phospholipid-binding proteins or their complexes.
Regulation of expression at the transcriptome level can significantly affect the quantities of produced proteins, as well as a person’s phenotype. On this note, research has highlighted transcripts interactions, which participate in the regulation of gene expression. Next Generation Sequencing (NGS) technologies have enabled massive transcriptome sequencing and the molecular characterization of many diseases.
Transcriptomic profiling in SLE has established the involvement of many immunological and molecular pathways and biomarkers, including the interferon α (IFN α) and autophagy pathways. Despite the increasing number of studies on SLE and APS, it is of particular value to further analyze the transcriptome of patients with SLE and APS comorbidity and to study the effects of aPL positivity on gene expression.
For this purpose, RNA sequencing data from whole blood samples in combination with in silico methods will be exploited in order to: i) identify possible interactions and differential gene expression patterns between different groups of patients and healthy individuals (e.g. SLE patients with APS versus healthy individuals, SLE patients with aPL positivity versus SLE patients without aPLs, etc.), ii) stratify patients based on molecular signatures and iii) find potential biomarkers for the prediction or progression of APS in SLE patients.
(EN)
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa
