Διερεύνηθηκε η δυνατότητα δημιουργίας ενός πολυμετρικού δείκτη για την εκτίμηση της οικολογικής ποιότητας ελληνικών λιμνών με βάση τα ψάρια. Για την επίτευξη του στόχου, έγινε παρακολούθηση της ιχθυοπανίδας 11 φυσικών λιμνών και εκτιμήθηκαν οι πιέσεις που ασκούνται σε αυτές. Ο δείκτης που αναπτύχθηκε (GLFI) περιλαμβάνει δύο μετρικές της ιχθυοπανίδας, τη σχετική αριθμητική αφθονία των εισαχθέντων ειδών και τη σχετική βιομάζα των παμφάγων ειδών, που αποκρίνονται στη γενικότερη υποβάθμιση των λιμνών (όπως εκφράζεται από το δείκτη τροποποίησης του λιμναίου ενδιαιτήματος) και στον ευτροφισμό του νερού (όπως εκφράζεται από τις συγκεντρώσεις του ολικού φωσφόρου). Mε βάση το δείκτη GLFI, καλή οικολογική ποιότητα εκτιμήθηκε σε δύο λίμνες (Αμβρακία και Χειμαδίτιδα), μέτρια σε έξι λίμνες (Βεγορίτιδα, Βόλβη, Λυσιμαχία, Μικρή Πρέσπα, Οζερός και Πετρών) ενώ ελλιπής σε τρεις λίμνες (Ζάζαρη, Καστοριάς και Παμβώτιδα). Επιπλέον, αξιολογήθηκε η αλιευτική προσπάθεια που προτείνεται από το ευρωπαϊκό πρωτόκολλο CEN για την παρακολούθηση της ιχθυοπανίδας των λιμνών. Προέκυψε ότι για την παρακολούθηση της ιχθυοπανίδας των ελληνικών λιμνών είναι εφικτή η μείωση της αλιευτικής προσπάθειας στις ζώνες όπου καταγράφονται υψηλές αριθμητικές συλλήψεις, καθώς και στις βαθιές ζώνες που συνεισφέρουν ελάχιστα στην εκτίμηση του αριθμού των ειδών αλλά και της σχετικής αριθμητικής τους αφθονίας και βιομάζας. Το μοντέλο που αναπτύχθηκε λαμβάνει υπόψη τις αναμενόμενες τιμές των αριθμητικών συλλήψεων των βενθικών διχτυών και τον επιθυμητό βαθμό ακρίβειας και μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε μελλοντικά προγράμματα παρακολούθησης της ιχθυοπανίδας, μειώνοντας τις επιπτώσεις στους πληθυσμούς των ψαριών καθώς και τον χρόνο και το κόστος της παρακολούθησης.
The scope of this thesis was to investigate the feasibility of the development of a multi-metric fish index, for the assessment of the ecological quality of Greek lakes. To achieve this, fish fauna monitoring was conducted in 11 natural lakes and the pressures impacted the studied lakes were also assessed. The developed index (GLFI) is based on two fish metrics, the relative numerical abundance of the introduced species and the relative biomass of omnivorous species. The metrics respond to the general degradation of each lake (expressed as the index of lake habitat modification score) and to their eutrophic status (expressed by the concentration of total phosphorus). Based on GLFI, good ecological quality was assessed for two lakes (Amvrakia and Chimaditida), moderate for six lakes (Vegoritida, Volvi, Lysimachia, Mikri Prespa, Ozeros and Petron), while poor for three lakes (Zazari, Kastorias and Pamvotida). Moreover, the sampling effort proposed by the European protocol CEN for monitoring the fish fauna of lakes was re-evaluated. A reduction of fishing effort under high catches and at the deep zones, which contribute very little to the number of species and their relative numerical abundance and biomass, is proposed. The model developed for the estimation οf the required fishing effort is based on the desired level of precision and the estimated catches and could be used in monitoring surveys in order the impacts on fish populations and the time and the cost of a monitoring program to be reduced.