Η επεξεργασία της επιτραπέζιας ελιάς πρέπει να γίνεται με τρόπο που να μην υποβαθμίζει τα ποιοτικά χαρακτηριστικά της. Αυτά προσδιορίζουν τον βαθμό αποδοχής της από το καταναλωτικό κοινό και έτσι πρέπει να παραμένουν σε υψηλά επίπεδα. Ο ποιοτικός έλεγχος της επιτραπέζιας ελιάς γίνεται κατά την διάρκεια της επεξεργασίας της από ειδικούς επιστήμονες στο εργαστήριο. Με τις αναλύσεις που πραγματοποιούνται γίνεται πιστοποίηση της ομαλής πορείας ζύμωσης της επεξεργασμένης ελιάς και της καταλληλότητας της. Οι ασθένειες και οι εχθροί της ελιάς μπορούν να την βλάψουν ανεπανόρθωτα γι’ αυτό η πρόληψη και η αντιμετώπιση τους είναι τα ενδεικνυόμενα μέτρα για την αποφυγή δυσάρεστων καταστάσεων.