Ανάπτυξη μεθοδολογιών για την ανίχνευση σημειακών πολυμορφισμών (SNPS) του γονιδίου LOXL1 σχετιζομένων με το ψευδοαπολιδωτικό γλαύκωμα και σύνδρομο.

Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών   

Αποθετήριο :
Πέργαμος   

δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*



Ανάπτυξη μεθοδολογιών για την ανίχνευση σημειακών πολυμορφισμών (SNPS) του γονιδίου LOXL1 σχετιζομένων με το ψευδοαπολιδωτικό γλαύκωμα και σύνδρομο.

Τζίκα Κωνσταντίνα (EL)

born_digital_postgraduate_thesis
Διπλωματική Εργασία (EL)
Postgraduate Thesis (EN)

2012


Το ψευδοαποφολιδωτικό σύνδρομο (Ψ/Α.Σ) αποτελεί μία εκτεταμένη εκφυλιστική πάθηση η οποία παρουσιάζεται σε άτομα ηλικίας άνω των 40-50 ετών. Χαρακτηρίζεται από την παραγωγή και την προοδευτική συγκέντρωση ενός ινώδους υλικού, που ονομάζεται ψευδοαποφολιδωτικό υλικό (Ψ/Α υλικό), στους οφθαλμικούς ιστούς, στο δέρμα και στον συνδετικό ιστό διαφόρων σπλαχνικών οργάνων. Το Ψ/Α.Σ αποτελεί τo πιο συχνά προσδιορισμένο αίτιο μίας υποκατηγορίας χρόνιου γλαυκώματος ανοικτής γωνίας, το ψευδοαποφολιδωτικό γλαύκωμα (Ψ/Α.Γ) και το οποίο έχει κακή πρόγνωση. Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η αξιολόγηση σε Ελληνικό πληθυσμό (Ήπειρος) δύο γνωστών σημειακών πολυμορφισμών (G153D και R141L) στο γονίδιο οξειδάση της λυσίνης-1 (LOXL1), οι οποίοι έχουν αναφερθεί πρόσφατα στη βιβλιογραφία ότι συσχετίζονται με το Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ. Σ’ αυτή τη μελέτη, εξετάσθηκαν 291 δείγματα DNA περιφερικού αίματος γλαυκωματικών ασθενών και υγιών μαρτύρων ίδιας ηλικιακής κατανομής. Για τη γονοτύπωση αναπτύχθηκε και βελτιστοποιήθηκε μεθοδολογία PCR πραγματικού χρόνου και ανάλυση καμπύλων τήξης για τους προαναφερθέντες πολυμορφισμούς του γονιδίου LOXL1 χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικά κανάλια του οργάνου LightCycler (Roche), εξετάζοντας ξεχωριστά κάθε πολυμορφισμό. H μεθοδολογία ήταν ταχεία και αξιόπιστη, επιδεικνύοντας καλή απόδοση και επαναληψιμότητα στην ποσοτικοποίηση (αναπαραγωγιμότητα Cq CV<2,5%) και αξιοπιστία στη γονοτύπωση (CV Tm<2,5%). Επίσης, ήταν ακριβής καθώς σε επιλεγμένα δείγματα έγινε σύγκριση με τη μέθοδο αναφοράς DNA sequencing (100% συμφωνία). Στη συνέχεια έγινε προσπάθεια ανάπτυξης οικονομικότερης μεθοδολογίας που να εξετάζει ταυτόχρονα και τους δύο πολυμορφισμούς καθώς είναι κοντινοί και μπορεί να χρησιμοποιηθεί το ίδιο PCR προϊόν: σε περιπτώσεις αμφιβολίας στην καμπύλη τήξης, επαναλήφθηκε ξεχωριστά ο κάθε πολυμορφισμός. Από τα αποτελέσματα επιβεβαιώνεται η σύνδεση του LOXL1 με το Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ σε Ελληνικό πληθυσμό. Η σύνδεση του Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ με τον G153D φάνηκε να είναι λιγότερο ισχυρή στον πληθυσμό που μελετήθηκε (Ψ/Α.Σ: OR=2,035, p=0,011, Ψ/Α.Γ: OR=2,630, p=0,003) σε σχέση με άλλους πληθυσμούς σε διάφορες μελέτες. Ενώ για τον πολυμορφισμό R141L η σύνδεση αποδείχθηκε μόνο για το Ψ/Α.Γ (OR=3,529, p=0,000). (EL)
Pseudoexfoliation syndrome (PΕX) is a degenerative disease which affects patients over 40-50 years of age. It is characterized by the production and the progressive accumulation of a fibrillar extracellular material in ocular tissues, skin and connective tissue of various internal organs. PEX is recognised as the most common identifiable cause of an open- angle glaucoma subcategory (POAG), PEX that is accompanied by bad prognosis. The purpose of the present study was the evaluation of the association of two polymorphisms (G153D and R141L) in lysyl oxidase like-1 gene (LOXL1) with PEX/PEXG. In this study, 287 DNA samples of peripheral blood of patients from Greece (Epirus) and controls were tested. A novel methodology of real-time PCR and melting curve analysis was developed in order to genotype the G153D and R141L polymorphisms in LOXL1 gene by using two different fluorescent channels of the LightCycler instrument (Roche) examining each SNP separately. The methodology was fast and reliable demonstrating good efficiency and reproducibility in quantitation (Cq between run precision CV<2.5%) and in genotyping (CV<2.5%). The methology was accurate as we compared it with the reference method of DNA Sequencing. We also attempted to develop a lost-effective methodology that examines simultaneously both SNPs which are very close and the same PCR product can be used. In cases of doubt in the melting curve analysis, every SNP was examined separately. A statistically significant association was found for LOXL1 gene with PXFS- PXFG in this Greek population. The association of PEX and PEXG with G153D appeared to be less powerful in this population (PEX: OR=2.204, p=0.025, PEXG: OR =2.849, p=0.001, POAG: OR=3.057, p=0.001) than in other populations and as for R141L, the association was proved only with PEXG (OR=3.529, p=0.000). (EN)


Ελληνική γλώσσα

Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Χημείας » Τομέας Ι [Θεωρητική Χημεία – Φυσικοχημεία – Ανόργανη Ανάλυση – Ενόργανη Ανάλυση – Οργανολογία – Χημική Μηχανική (Εφαρμ. Φυσικοχημεία)]
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/




*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.