δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
Construction of a weighted gene co-expression network from transcriptomic data
Στη διπλωματική εργασία εξετάζονται 3,500 δείγματα τεχνολογίας μικροσυστοιχιών
Affymetrix (GeneChip™ Arabidopsis Genome ATH1 Array) διαφόρων ιστών του φυτικού
είδους Arabidopsis thaliana. Κάθε ένα από αυτά εμφανίζει τιμές έκφρασης για 21,274
γονίδια του φυτού. Πρώτο βήμα της ανάλυσης είναι η κατηγοριοποίηση των δειγμάτων
μέσω του WGCNA (weighted gene co-expression network analysis), τo οποίο είναι πακέτο
της γλώσσας προγραμματισμού R. Τα γονίδια ομαδοποιούνται σε 27 ενότητες
συνέκφρασης διαφορετικού μεγέθους. Κάθε ενότητα περιέχει γονίδια που είναι
διασυνδεδεμένα μεταξύ τους και εμφανίζει διαφορετικά επίπεδα έκφρασης στους
διάφορους ιστούς. Το σύνολο των γονιδίων κάθε ενότητας εξετάζεται για τυχόν υπέρεκπροσώπηση σε βιολογικές διεργασίες. Οι διάφορες ενότητες οριοθετούνται,
διευκρινίζοντας το ρόλο τους σε διαφορετικά στάδια της ανάπτυξης του φυτού. Τέλος, το δίκτυο συγκρίνεται με άλλα δίκτυα συν-έκφρασης γονιδίων, που προήλθαν από τα ίδια δεδομένα αλλά με άλλες υπολογιστικές μεθόδους.
(EL)
In this thesis 3,500 samples of Affymetrix microarray technology (GeneChip™ Arabidopsis
Genome ATH1 Array) of various tissues of the plant species Arabidopsis thaliana are
examined. Each of them shows expression values for 21,274 plant genes. The first step of
the analysis is to categorize the samples using WGCNA (weighted gene co-expression
network analysis), which is a package of the R programming language. The genes are
grouped into 27 co-expression modules of different sizes. Each module contains genes that are interconnected and show different levels of expression in different tissues. The set of
genes in each module is examined for any over-representation in biological processes. The different modules are delineated, clarifying their roles at different stages of plant
development. Finally, this weighted gene co-expression network is compared with other coexpression networks derived from the identical data but using other computational
methods.
(EN)
Θετικές Επιστήμες
Φυσικές Επιστήμες ▶ Επιστήμη Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και Πληροφορική Βιοπληροφορική
(EL)
Θετικές Επιστήμες
(EL)
Science
(EN)
Αγγλική γλώσσα
Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Βιολογίας » ΠΜΣ Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία » Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.
Βοηθείστε μας να κάνουμε καλύτερο το OpenArchives.gr.
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
