1. Home page
  2. Search

Construction of a weighted gene co-expression network from transcriptomic data

This item is provided by the institution :
/aggregator-openarchives/portal/institutions/uoa   

Repository :
Pergamos Digital Library   

see the original item page
in the repository's web site and access all digital files if the item*



Construction of a weighted gene co-expression network from transcriptomic data
ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ (EL)
PAPADOPOULOS KONSTANTINOS (EN)
born_digital_postgraduate_thesis
Διπλωματική Εργασία (EL)
Postgraduate Thesis (EN)
2024
Στη διπλωματική εργασία εξετάζονται 3,500 δείγματα τεχνολογίας μικροσυστοιχιών Affymetrix (GeneChip™ Arabidopsis Genome ATH1 Array) διαφόρων ιστών του φυτικού είδους Arabidopsis thaliana. Κάθε ένα από αυτά εμφανίζει τιμές έκφρασης για 21,274 γονίδια του φυτού. Πρώτο βήμα της ανάλυσης είναι η κατηγοριοποίηση των δειγμάτων μέσω του WGCNA (weighted gene co-expression network analysis), τo οποίο είναι πακέτο της γλώσσας προγραμματισμού R. Τα γονίδια ομαδοποιούνται σε 27 ενότητες συνέκφρασης διαφορετικού μεγέθους. Κάθε ενότητα περιέχει γονίδια που είναι διασυνδεδεμένα μεταξύ τους και εμφανίζει διαφορετικά επίπεδα έκφρασης στους διάφορους ιστούς. Το σύνολο των γονιδίων κάθε ενότητας εξετάζεται για τυχόν υπέρεκπροσώπηση σε βιολογικές διεργασίες. Οι διάφορες ενότητες οριοθετούνται, διευκρινίζοντας το ρόλο τους σε διαφορετικά στάδια της ανάπτυξης του φυτού. Τέλος, το δίκτυο συγκρίνεται με άλλα δίκτυα συν-έκφρασης γονιδίων, που προήλθαν από τα ίδια δεδομένα αλλά με άλλες υπολογιστικές μεθόδους. (EL)
In this thesis 3,500 samples of Affymetrix microarray technology (GeneChip™ Arabidopsis Genome ATH1 Array) of various tissues of the plant species Arabidopsis thaliana are examined. Each of them shows expression values for 21,274 plant genes. The first step of the analysis is to categorize the samples using WGCNA (weighted gene co-expression network analysis), which is a package of the R programming language. The genes are grouped into 27 co-expression modules of different sizes. Each module contains genes that are interconnected and show different levels of expression in different tissues. The set of genes in each module is examined for any over-representation in biological processes. The different modules are delineated, clarifying their roles at different stages of plant development. Finally, this weighted gene co-expression network is compared with other coexpression networks derived from the identical data but using other computational methods. (EN)
Θετικές Επιστήμες
Θετικές Επιστήμες (EL)
Science (EN)
English
Σχολή Θετικών Επιστημών » Τμήμα Βιολογίας » ΠΜΣ Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία » Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία
Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης » Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
University of Athens
Pergamos Digital Library
Postgraduate Thesis



*Institutions are responsible for keeping their URLs functional (digital file, item page in repository site)