1. Αρχική σελίδα
  2. Αναζήτηση

Binding of novel fullerene inhibitors to HIV-1 protease: insight through molecular dynamics and molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area calculations

Το τεκμήριο παρέχεται από τον φορέα :
Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών (ΕΙΕ)   

Αποθετήριο :
Ήλιος - Αποθετήριο Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών  | αποθετήρια EKT   

δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου
στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*



Binding of novel fullerene inhibitors to HIV-1 protease: insight through molecular dynamics and molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area calculations
Durdagi, Serdar
Μαυρομούστακος, Θωμάς
Παπαδόπουλος, Μάνθος Γ.
Tzoupis, Haralambos
Mouchlis, Varnavas
Leonis, Georgios
Άρθρο σε επιστημονικό περιοδικό
2011-10
The objectives of this study include the design of a series of novel fullerene-based inhibitors for HIV-1 protease (HIV-1 PR), by employing two strategies that can also be applied to the design of inhibitors for any other target. Additionally, the interactions which contribute to the observed exceptionally high binding free energies were analyzed. In particular, we investigated: (1) hydrogen bonding (H-bond) interactions between specific fullerene derivatives and the protease, (2) the regions of HIV-1 PR that play a significant role in binding, (3) protease changes upon binding and (4) various contributions to the binding free energy, in order to identify the most significant of them. This study has been performed by employing a docking technique, two 3D-QSAR models, molecular dynamics (MD) simulations and the molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) method. Our computed binding free energies are in satisfactory agreement with the experimental results. The suitability of specific fullerene derivatives as drug candidates was further enhanced, after ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) properties have been estimated to be promising. The outcomes of this study revealed important protein-ligand interaction patterns that may lead towards the development of novel, potent HIV-1 PR inhibitors.
Dordrecht
Ηλεκτρονικοί υπολογιστές. Επιστήμη των υπολογιστών (EL)
Βιολογία (Γενικά) (EL)
Φυσική (EL)
Biology (General) (EN)
Electronic computers. Computer science (EN)
Physics (EN)
Computer Science, Interdisciplinary Applications
HIV-1 PR
QSAR
Molecular dynamics
Fullerenes
MM-PBSA
Biophysics
Αγγλική γλώσσα
Springer
Journal of Computer-aided Molecular Design (merged with Perspectives in Drug Discovery and Design)
https://rightsstatements.org/page/InC/1.0/?language=en
© SPRINGER
© SPRINGER (EN)
Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών (ΕΙΕ)
Ήλιος - Αποθετήριο Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών
Ινστιτούτο Χημικής Βιολογίας (ΙΧΒ/ΕΙΕ)
νστιτούτο Χημικής Βιολογίας - Επιστημονικό έργο



*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.