Σκοπός: Τα μυελοδυσπλαστικά/μυελουπερπλαστικά νεοπλάσματα (ΜΔΣ/ΜΥΝ) είναι μυελικές νεοπλασίες στις οποίες παρατηρούνται χαρακτηριστικά τόσο των μυελοδυσπλαστικών (ΜΔΣ), όσο και των μυελοϋπερπλαστικών νεοπλασμάτων (ΜΥΝ). Σε μεγάλο ποσοστό των ασθενών συχνά ανιχνεύονται σημειακές ή άλλες μεταλλάξεις μικρής κλίμακας σε γονίδια που συμμετέχουν στην κυτταρική σηματοδότηση, στη ρύθμιση του επιγενετικού μηχανισμού του κυττάρου (TET2 και IDH1/2), στην ωρίμανση του RNA (SRSF2, SF3B1, U2AF1). Μάλιστα, οι τελευταίες δεν είναι αποκλειστικές, αλλά μπορεί να συνοδεύονται από μεταλλάξεις DNMT3, JAK2, ASXL1 και TET2. Σκοπός της παρούσας Διπλωματικής Εργασίας ήταν η κατά προσέγγιση εκτίμηση της μεθυλίωσης του γονιδιώματος μέσω ανάλυσης των ρετρομεταθετών στοιχείων LINE-1, τα οποία απαντώνται διάσπαρτα στο γονιδίωμα, με την τεχνική post Real-time PCR HRMΑ σε δείγματα από ασθενείς με ΜΔΣ/ΜΥΝ.
Υλικά και Μέθοδοι: Σε αυτή την εργασία χαρακτηρίστηκαν 60 ασθενείς με βάσει τα κριτήρια του WHO 2016 για τα ΜΔΣ/ΜΥΝ και σύμφωνα με το μοριακό τους προφίλ, επιλέχθηκαν 15 ασθενείς κατά τη διάγνωση. Για τον προσδιορισμό της κατάστασης μεθυλίωσης των LINE-1, για τις αναλύσεις του πρότυπου της καμπύλης τήξης, χρησιμοποιήθηκαν ¬6 δείγματα DNΑ ατόμων χωρίς αιματολογικές διαταραχές. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος MS-HRMA και η μέθοδος MSP για την επαλήθευση των δεδομένων.
Αποτελέσματα: Τα μεταθετά στοιχεία LINE-1, των ασθενών με ΜΔΣ/ΜΥΝ εμφανίζουν στατιστικώς σημαντικά (p-value=0.0071), αυξημένα επίπεδα μεθυλίωσης (88.47%), συγκριτικά με τα αντίστοιχα επίπεδα στα άτομα του φυσιολογικού πληθυσμού (85.81%). Επιπλέον, τα μεταθετά στοιχεία LINE-1, των ασθενών με ΜΔΣ/ΜΥΝ, που έχουν μετάλλαξη στο γονίδιο DNMT3A, εμφανίζουν στατιστικώς σημαντικά (p-value=0.0322), μειωμένα επίπεδα μεθυλίωσης (86.77%), συγκριτικά με τα αντίστοιχα επίπεδα στους ασθενείς με μετάλλαξη σε άλλο γονίδιο (88.73%). Τα αποτελέσματα επαληθεύτηκαν με τη μέθοδο MSP.
Συμπεράσματα: Στην παρούσα εργασία, παρατηρήθηκε στατιστικώς σημαντική διαφορά των επιπέδων μεθυλίωσης (p-value=0.0036) των ασθενών (έχουν παραληφθεί αυτοί με μετάλλαξη στο γονίδιο DNMT3A), σε σχέση με τα άτομα του φυσιολογικού πληθυσμού. Τα αποτελέσματα της παρούσας εργασίας υποδηλώνουν ότι είναι απαραίτητο να διεξαχθούν περαιτέρω μελέτες, προκειμένου να εξαχθούν ασφαλή συμπεράσματα.
(EL)
Objective: Μyelodysplastic/myeloproliferative neoplasms are myeloid disorders characterized by both dysplastic and proliferative features. Molecular lesions in genes involved in cell signaling, epigenetic regulation (TET2 and IDH1 / 2), and RNA splicing (SRSF2, SF3B1, U2AF1) are often detected in a large proportion of patients. The latter are not exclusive, and are usually detected with mutation in other genes, i.e. DNMT3, JAK2, ASXL1 and TET2. The purpose of this thesis was to estimate the gene methylation by analyzing the LINE-1 retrotransposon elements that are dispersed in the genome utilizing α post-Real-Time PCR HRMA technique in samples of patients with MDS/MPN.
Methods: In this study, 60 patients were included based on WHO 2016 criteria for MDS/MPN and according to their molecular profile, 15 patients were selected for methylation analysis. To determine the methylation status of the LINE-1, a standard curve was prepared using 6 DNA samples from healthy donors. For this purpose, the MS-HRMA method was used and the MSP method was used to verify the data.
Results: The LINE-1 retrotransposon elements of MDS/MPN patients showed statistically significant (p-value = 0.0071), increased methylation levels (88.47%) in samples from patients with MDS/MPN, compared to the methylation levels iDNA samples from healthy donors (85.81%). Additionally, in MDS/MPN patients with a mutation in the DNMT3A gene, the LINE-1 transposons methylation status significantly reduced (86.77%;p-value = 0.0322), in comparison to methylation levels in patients with mutations in other genes (88.73%). The results were verified by the MSP method.
Conclusions: In this study, we showed a statistically significant difference in the methylation levels of LINE-1 retrotransposon elements (p-value = 0.0036) in patients with MDS/MPN compared to the normal population. Further analysis should be performed in larger cohorts of patients to confirm these results.
(EN)