δείτε την πρωτότυπη σελίδα τεκμηρίου στον ιστότοπο του αποθετηρίου του φορέα για περισσότερες πληροφορίες και για να δείτε όλα τα ψηφιακά αρχεία του τεκμηρίου*
Clustering approaches for extracting structural determinants of enzyme active sites that dictate ligand binding
Η μελέτη των κέντρων πρόσδεσης των ενζύμων είναι μια πολύ σημαντική διαδικασία που
μπορεί να αποδειχτεί επίπονη γιατί απαιτείται πλήθος εργαστηριακών μελετών. Για αυτό
το λόγο και με σκοπό να επιταχύνουμε την έρευνα στο συγκεκριμένο τομέα, χρειάζεται να
καταφύγουμε στην πληροφορική και υπολογιστικές μεθόδους. Στην εργασία αυτή επικε
ντρωνόμαστε στο να αποτυπώσουμε μια διαδικασία μέσω της οποίας θα μπορούμε να
ορίσουμε την δομή του ενεργού κέντρου ενός ενζύμου, χρησιμοποιώντας υπολογιστικές
μεθόδους και εκμεταλλευόμενοι τα γεωμετρικά χαρακτηριστικά του ενζύμου. Το ένζυμο της
φωσφορυλάσης του γλυκογόνου (GP) είναι ένας αναγνωρισμένος μοριακός στόχος για τον
σχεδιασμό θεραπευτικών μέσων για την αντιμετώπιση του σακχαρώδους διαβήτη τύπου
2 και για αυτόν τον λόγο επιλέχθηκε ως παράδειγμα στην παρούσα εργασία. Με στόχο
τη δημιουργία μιας σχηματικής αναπαράστασης του ενεργού κέντρου"γαντιού" της GP,
δημιουργήθηκαν με υπολογιστικές μεθόδους και στη συνέχεια ομαδοποιήθηκαν, όλες οι
πιθανές διαμορφώσεις του ενεργού κέντρου, λαμβάνοντας υπ' όψιν τα διαμορφομερή των
επιμέρους αμινοξέων που συνθέτουν το κέντρο. Τα αποτελέσματα δίνουν νέες χρήσιμες
δομικές πληροφορίες για μια υποπεριοχή του καταλυτικού κέντρου της GP, η οποία μπορεί
να αξιοποιηθεί περαιτέρω για τον κατευθυνόμενοαπό τη δομήσχεδιασμό βελτιωμένων
θεραπευτικών μέσων, επιταχύνοντας την διαδικασία εύρεσης φαρμάκων.
(EL)
The study of enzyme binding sites is a very important process which can be very arduous
since it requires a lot of experimental work.This is why we need to use informatics and
computational tools which could speed up the process. The focus of this thesis is to
propose workflows by which we can depict the structure of an enzyme’s active site by
using computational methods and exploiting geometrical features of the enzyme. The
enzyme of glycogen prosphorylase (GP), a validated target for the design of therapeutic
agents for the treatment of type 2 diabetes, was selected as use case. With the aim
to create a glove representation of the active site of GP, all possible conformations of the
active site were artificially generated and clustered, taking into account the rotamers of the
individual residues that form this site. The results obtained give new structural insights on
a subsite of the catalytic site of GP that may be further exploited for the structurebased
design of improved therapeutic agents accelerating the drug discovery process.
(EN)
*Η εύρυθμη και αδιάλειπτη λειτουργία των διαδικτυακών διευθύνσεων των συλλογών (ψηφιακό αρχείο, καρτέλα τεκμηρίου στο αποθετήριο) είναι αποκλειστική ευθύνη των αντίστοιχων Φορέων περιεχομένου.
Clustering approaches for extracting structural determinants of enzyme active sites that dictate ligand binding
Clustering approaches for extracting structural determinants of enzyme active sites that dictate ligand binding
Βοηθείστε μας να κάνουμε καλύτερο το OpenArchives.gr.
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
